SARS-CoV-2 Etiopian identifikatzeko lau azido nukleiko anplifikazio-azterketak

Eskerrik asko natura bisitatzeagatik. Arakatzailearen bertsioa erabiltzen ari zara CSS laguntza mugatuarekin. Esperientziarik onenarentzat, arakatzaile eguneratua (edo desgaitu bateragarritasun modua Internet Explorer-en) erabiltzea gomendatzen dugu. Gainera, etengabeko laguntza ziurtatzeko, gunea estilo eta javascript gabe erakusten dugu.
Hiru diapositiba karusela bistaratzen du aldi berean. Erabili aurreko eta hurrengo botoiak hiru diapositiba aldi berean mugitzeko edo erabili azkenean labaina botoiak aldi berean hiru diapositibetan zehar mugitzeko.
2019ko Coronavirus gaixotasuna (Covid-19) agerraldia, azido nukleiko nukleiko anplifikazio proba ugari (NAATS) garatu dira mundu osoan eta azterketa estandarrak bihurtu dira. Hainbat proba azkar garatu ziren eta laborategiko diagnostiko probetan aplikatu ziren arren, proba horien errendimendua ez da ezarpen desberdinetan ebaluatu. Hori dela eta, Azterketa honek Abbott Sars-Cov-2, Daan Gene, BGI eta Sansure Biotech-en azterketak ebaluatzea du helburu, Konposatu Erreferentzia Araua (CRS) erabiliz. Azterketa Etiopiako Osasun Publikoko Institutuan (EFI) 2020ko abenduaren 1etik 30era egin zen. 164 Lagin nasofaringak atera ziren Qiaamp RNA Mini Kit eta Abbott DNA lagina prestatzeko sistema erabiliz. 164 ale,% 59,1 positiboak izan ziren eta% 40,9 negatiboak izan ziren CRSentzat. Sansure Biotech positibotasuna nabarmen txikia izan da CRSekin alderatuta (p <0,05). Sansure Biotech positibotasuna nabarmen txikia izan da CRSekin alderatuta (p <0,05). Положительные результаты Sansure Biotech были значительно ниже по сравнению с crs (p <0,05). Sansure Biotech-en emaitza positiboak nabarmen txikiagoak izan dira CRS-rekin alderatuta (P <0,05).与 crs 相比, sansure bioteknologia 的阳性率显着较低 (p <0,05).与 crs 相比, sansure bioteknologia 的阳性率显着较低 (p <0,05). Sansure Biotech Было значительно меньше положительных результатов по сравнению с CRS (P <0,05). Sansure Biotech-ek emaitza positibo gutxiago izan zituen CRSekin alderatuta (p <0,05).Lau analisien akordio orokorra% 96,3-100 izan zen CRSrekin alderatuta. Sansure Biotech-en azterketa positibotasun tasa gainera, lau azterketen errendimendua ia konparagarria izan zen. Hori horrela izanik, Sansure Biotech [Ikerketak (RUO)] azterketak Etiopian erabiltzeko baliozkotasun gehigarria eskatzen du. Azkenik, ikerketa osagarriak kontuan hartu beharko lirateke fabrikatzaileen erreklamazio egokiekin.
Laborategiko probak Osasunaren Mundu Erakundearen (Who) Plan Estrategikoa da 2019ko Coronavirus Gaixotasuna (Covid-19) prestatzea eta erantzuna (Spr). Herrialdeek laborategiko gaitasuna eraiki behar dutela gomendatzen dute prestaketa hobetzeko, kasuen kudeaketa egokia, zaintza eta osasun publikoen erronkei erantzuteko. Horrek iradokitzen du laborategiaren eginkizuna funtsezkoa dela eragile infekziosoen gaixotasunaren eta epidemiologia karakterizatzeko eta haien hedapena kontrolatzeko.
Covid-19ren diagnostikoak informazio epidemiologikoa eta medikoa, sintoma pertsonalak / zeinu eta datu erradiografikoak eta laborategiko datuak behar ditu. Covid-19 (e) k Wuhanen, Txinan, azido nukleiko nukleiko anplifikazio proba ugari (NAATS) garatu dira mundu osoan zehar. Denbora errealeko alderantzizko transkripzioa Polimerasaren kate erreakzioa (RRT-PCR) metodo errutina eta estandar gisa erabili da arnasketa akutuaren sindromearen 2 (SARS-COV-2) 3 infekzioa laborategiko diagnostikorako. SARS-COV-2 detekzio molekularra N (nukleocapsid gene gene), e (gutunazal proteina gene) eta RDRP (RNA-Menpeko RNA polimerasaren geneak) geneetan oinarritzen dira (1A / B irakurketa irekia). gene) genoma birikotik identifikatutako eskualdea. Birusaren aitorpenarentzako genoma birikoetan aurkitutako kontserbatutako eskualde nagusiak direla uste da4. Gene horien artean, RDRP eta E geneek antzemateko sentsibilitate analitiko handia dute, eta N geneak analisi sentikortasun baxua du5.
PCR azterketen errendimendua alda daiteke hainbat faktoreren arabera: erauzketa erreaktiboak, anplifikazioa / hautemateko erreaktiboak, erauzketa metodoa, PCR makinaren kalitatea eta bestelako tresnak. 2020ko apiriletik aurrera, bederatzi herrialdetako 48 diagnostiko gailu baino gehiagok larrialdiko erabilera baimena jaso dute (EUA) COVID-196 diagnostikoetarako. Etiopian, 14 denbora errealeko PCR plataformak baino gehiago erabiltzen dira SARS-COV-2 PCR hautemateko 26 Osasun Publikoko Erakundeetan, besteak beste, Abi 7500, Abbott M2000, Roche 48000 eta Quant-Studio7. Gainera, PCR probako hainbat kit eskuragarri daude, esaterako, Daan Gene Test, Abbott Sars-Cov-2 proba, Sansure Biotech proba eta Sars-Cov-2 BGI proba. RRT-PCR oso sentikorra den arren, COVID-19 duten gaixo batzuek emaitza negatibo faltsuak salatu zituzten azido biriko birikoaren (ARN) kopia nahikoa direla eta, bilduma, garraio, biltegiratze eta laborategiko probengatik. Pertsonalen baldintzak eta ekintzak8. Horrez gain, laginak edo kontrolak ezartzea, zikloaren atalasea (CT) ezarpena (CT) ezarpena, eta Sars-Cov-2 RNA-k ezarritako beste azido nukaniko edo aktibo / hondarrei esker, emaitza positibo faltsuak ekar ditzake RRT-PCR9 azterketetan. Horrela, argi dago PCR probek, hain zuzen ere, gene zatien garraiolariak identifikatu ditzaketela, ezin baitute bereizten gene biriko benetan aktiboen artean, beraz, probak garraiolariak eta ez pazienteak bakarrik identifikatu ditzakete. Hori dela eta, garrantzitsua da diagnostiko-errendimendua ebaluatzea gure ezarpenean metodo estandarrak erabiliz. Naat erreaktibo asko Etiopiako Osasun Publikoko Institutuan (EFI) eta herrialde osoan eskuragarri dauden arren, oraindik ez da haien eraginkortasunaren ebaluazio konparatiborik jakinarazi. Hori dela eta, ikerketa honek SARS-CoV-2-k RRT-PCH-k egin zituen komertzialki eskuragarri dauden kiten errendimendu konparatiboa ebaluatzea du helburu.
Azterketa honetan sartu ziren COVID-19 susmagarriak ziren 164 parte-hartzaile. Lagin gehienak tratamendu zentroetakoak ziren (118/164 =% 72), eta gainerako 46 (% 28) parte-hartzaileak tratamendu ez diren zentroetakoak ziren bitartean. Zentroan tratatu ez diren parte-hartzaileen artean, 15 (% 9,1) klinikoki susmagarriak ziren kasuak eta 31 (% 18,9) izan zituzten baieztatutako kasuen kontaktuak. Laurogeita hiru (% 56,7) parte-hartzaileak gizonezkoak ziren, eta parte-hartzaileen (± SD) adina 31,10 (± 11,82) urte izan ziren.
Azterketa honetan, Covid-19 probetarako lau proben tasa positiboak eta negatiboak zehaztu ziren. Thus, the positive rates of the Abbott SARS-CoV-2 assay, Daan Gene 2019-nCoV assay, SARS-CoV-2 BGI assay, and Sansure Biotech 2019-nCoV assay were 59.1%, 58.5%, 57.9% and 55.5% respectively. Konposatu estandar positibo eta negatiboak (CRS) puntuazio positiboak 97 (% 59,1) eta 67 (% 40,9), hurrenez hurren (1. taula). Azterketa honetan, CRS-ren definizioa "edozein positibo" arauan oinarritu zen, eta, horretarako, lau probetatik ateratako emaitzak, emaitza bera eman zuten emaitza bera edo negatibotzat jotzen ziren.
Azterketa honetan,% 100eko (% 95 CI 94.6-100)% 100 (NPA) hitzarmen negatiboa aurkitu dugu (% 95 CI 94.6-100) CRS-rekin alderatuta. Sansure Bioteknologia azterketak% 93,8ko ppa minimo bat erakutsi zuen (% 95 CI 87.2-97.1) eta Daan Gene-Ncov-eko azterketak% 99,4koa izan zuen (% 95 CI 96,6-99.9% 96). Aitzitik, SARS-COV-2 BGI azterketen eta 2019ko Sansure Biotech 2019-NCOV-en arteko hitzarmen orokorra% 98,8 eta% 96,3koa izan zen hurrenez hurren (2. taula).
Cohen-en Kappa CRS eta Abbott Sars-COV-2 azterketen arteko hitzarmenen koefizientea guztiz koherentea izan da (k = 1.00). Era berean, Daan Gene 2019-Ncov, Sars-Cov-2 BGI-k hautatutako Kappa Balioak eta Sansure Biotech 2019-NCOV-ek ere guztiz koherenteak dira CRS (k ≥ 0,925). Analisi konparatibo honetan, Chi-Square Test-ek (McNemar proba) erakutsi zuen Sansure Biotech 2019-NCOV-eko azterketen emaitzak nabarmen desberdinak zirela (P = 0,031) (2. taula) (2. taula).
Irudian ikusten den bezala.1 Abbott Sars-COV-2-ren kt-ren balio txikienaren (<20 CT)% 87,6koa izan zen eta Orf1a / B Gene CT-k. Sansure Biotech 2019-NCOV-ek erakutsi zuen CT balio baxuaren (<20 CT)% 50,3koa izan zela eta CT balio handia izan zela% 36-40. 1 Abbott Sars-COV-2-ren kt-ren balio txikienaren (<20 CT)% 87,6koa izan zen eta Orf1a / B Gene CT-k. Sansure Biotech 2019-NCOV-ek erakutsi zuen CT balio baxuaren (<20 CT)% 50,3koa izan zela eta CT balio handia izan zela% 36-40.Irudian ikusten den bezala.1, Процент наименьшего значения значения значения значения знализа abbott sars-cov-2 (Комбинированный ген rdrp и n) Составил% 87,6, А значение Ct гена Orf1a / b Составляло% 3,2. 1, Abbott Sars-COV-ren (<20 CT) balio txikienaren (<20 CT) analisia% 87,6koa izan zen, eta CT Biotech 2019-NCOV-ren Gene-ren analisiaren CT balioa. NCOVek erakutsi zuen CT balio baxuaren (<20 CT)% 50,3 izan dela eta CT (36-40 CT) CT (36-40 CT). % 3,2.如图 1 所示, Abbott Sars-Cov-2 检测 (结合 RDRP 和 n 基因) 的最低 CT 值百分比 (<20 ct) 为% 87,6, Sansure Biotech 2019-Ncov 检测的 Orf1a / B 基因 CT 值显示低 值显示低 的百分比为 (36-40 CT) 的百分比为% 3,3. 1. irudian erakusten den moduan, Abbott Sars-COV-ren CT balio txikiena (<20 CT)% 87,6 da. % 3,2. Как показано на рисунке 1, Анализ Abbott Sars-Cov-2 (Сочетающий гены rdrp и n) имел самое низкое процентное значение ct (<20 ct) В Размере% 87,6, eta значение ct гена orf1a / b в исследовании Sansure Biotech 2019- eta Показал показал низкий низкий CT. 1. irudian, ABBOTT SARS-COV-2 azterketak (RDRP eta N geneak konbinatuz)% 87,6 (<20 CT)% 87,6koa izan da, eta CT-k Orf1a / B genearen balioa Sansure Biotech 2019 azterketan - NCOV-en azterketak CT baxua erakutsi zuen. Процент значений (<20 ct) Составил 50,3%, eta% 50,3 Процент значений CT (36-40 CT) Составил% 3,2. Balioen portzentajea (<20 ct)% 50,3koa izan zen, eta CT balio handiko balioen portzentajea (36-40 CT)% 3,2koa izan da.Abbott Sars-Cov-2 B probatzen da 30 baino gehiagoko CT balioak. Bestalde, BGI SARS-COV-2 STAYSY ORF1A / B Gene-k CT balio handia izan zuen (> 36 CT) portzentajea% 4 (1. irudia). Bestalde, BGI SARS-COV-2 STAYSY ORF1A / B Gene-k CT balio handia izan zuen (> 36 CT) portzentajea% 4 (1. irudia). С Другой стороны, анализе Bgi Sars-Cov-2 ген orf1a / b имел высокое значение значение значение значение значение значент которого составлял% 4 (Рис. 1). Bestalde, BGI SARS-COV-2 gene orf1a / b-k CT balio altua izan zuen (> 36 ct),% 4koa izan zen portzentajea (1. irudia).另一方面, 在 BGI SARS-COV-2 检测中, Orf1a / B 基因具有高 CT 值 (> 36 ct) 的百分比为% 4 (图 1). Bestalde, BGI SARS-COV-2 detekzioan, CT balio handiko (> 36 ct) orf1a / b genearen portzentajea% 4 da (1. irudia). С другой стороны, анализе bgi sars-cov-2 процент генов orf1a / b с высокими значениями CT (> 36 ct) Составил% 4 (рис. 1). Bestalde, BGI SARS-COV-2 analisian, CT balio handiko (> 36 ct) geneen orf1a / b geneen portzentajea% 4koa izan zen (1. irudia).
Azterketa honetan 164 lagin nasofaringe hartu ditugu. Eskesa mota guztietarako, RNA isolamendua eta anplifikazioa egin da dagozkien fabrikatzaileek gomendatutako metodoak eta kitak erabiliz.
Azterketa honek erakutsi du Abbott-ek Sars-Cov-en proba CRS gisa detekzio-errendimendu bera duela,% 100 positiboa, negatiboa eta konkordantzia orokorrarekin. Cohen Kappa Akordioa 1,00 da, CRS-rekin hitzarmen osoa adieraziz. AEBetako Washington Unibertsitateak egindako ikerketa batek aurkitu zuen Sars-Cov-eko Abbott probaren sentsibilitate eta berezitasun orokorra% 93 eta% 100ekoa izan zela, hurrenez hurren, CDCko laborategiko izapidearen (LDA) alderatuta. 11. Abbott Sars-COV-2 hautemateko sistema N eta RDRP geneen aldibereko detekzioan oinarritzen da, bi geneak sentikorragoak direnez, negatiboak faltsuak12 minimizatuz12. Vienan, Austrian egindako ikerketa batek ere erakutsi zuen erauzketa lagin handien bolumen handiak eta hautemateko bolumenek diluzio efektu minimizatuak eta detekzio eraginkortasuna areagotzea13. Horrela, SARS-COV-2 azterketarako partida ezin hobea da, aldi berean, konbinazio geneak hautematen dituen plataforma hautemateko sistema batekin lotuta, lagin ugari (0,5 ml) laburtzen ditu eta eluente kopuru handia erabiltzen du (40 μL).
Gure emaitzek Daan proba genetikoaren detekzioaren errendimendua CRSren ia berdina zela erakutsi zuten. Huainan, Txinan, eta fabrikatzailearen% 100eko akordio positiboko erreklamazioarekin egindako ikerketa14 bat dator. Emaitza koherenteen txostenak izan arren, lagin bat negatibo faltsua izan zen eluo bera atzera egin ondoren, baina positiboa izan zen Abbott Sars-Cov-2 eta Sansure Biotech NCOV-2019 azterketak. Horrek iradokitzen du aldakortasuna egon daitekeela emaitzak azterketa mota desberdinetan zehar. Hala ere, Txinan egindako ikerketan15, Daan Gene Saseyaren emaitza nabarmen desberdina izan zen (P <0,05) laborategiko erreferentzia-azterketarekin alderatuta. Hala ere, Txinan egindako ikerketan15, Daan Gene Saseyaren emaitza nabarmen desberdina izan zen (P <0,05) laborategiko erreferentzia-azterketarekin alderatuta. Hori dela eta, В исследовании, проведенном в китае15, результат анализа daan Gene значительно отличался (P <0,05) ит их лабораторного эталонного анализа. Hala ere, Txinan egindako ikerketa batean15, Daan Gene-ren analisiaren emaitza nabarmen desberdina izan da (P <0,05) laborategiko erreferentziako azterketatik.然而, 在中国进行的研究中 15, 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异 (P <0,05).然而, 在中国进行的研究中 15, 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差 <0,05 Gehiago irakurri, Проведенном в китае15, результаты генетического теста daan значительно отличались (P <0,05) по сравнению с его эталонным лабораторным тестом. Hala ere, Txinan egindako ikerketa batean15, Daanen proba genetikoaren emaitzak nabarmen desberdinak izan ziren (P <0,05) erreferentziako laborategiko probarekin alderatuta.Desadostasun hori SARS-CoV-2 hautemateko erreferentzia-probaren sentsibilitatearen ondorioz izan daiteke, eta azterlan gehiago garrantzitsuak izan daitezke kausa zehazteko.
Horrez gain, gure azterketak SARS-COV-2 BGI BGI azterketari konparatiboa CRS-rekin ebaluatu zuen, portzentaje positibo bikainak erakusten ditu (PPA =% 97,9), ehuneko negatiboa hitzarmen negatiboa (NPA =% 100), eta Generoaren (OPA) portzentaje orokorra. ). =% 98,8). Cohen-en Kappa Balioak hitzarmen ona erakutsi zuen (k = 0,975). Herbehereetako ikerketek16 eta China15-ek emaitza koherenteak erakutsi dituzte. SARS-COV-2 BGI proba gene bakarra (orf1a / b) detekzio proba da, 10 μL anplifikazio / detekzio elea erabiliz. Gure erreferentziako emaitzarekin estatistika hitzarmen ona izan arren, azterketak lagin osoaren bi lagin positibo (% 1,22) galdu zituen. Horrek ondorio kliniko handiak izan ditzake transmisio dinamikak pazientearen eta komunitatearen mailan.
Azterketa honetan sartutako beste azterketa konparatiboa Sansure Biotech NCOV-2019 RRT-PCR (RUO) azterketa izan zen; Partiduen portzentajea% 96,3 izan zen. Akordioaren indarra Cohen-en Kappa balioa ere zehaztu zen, 0,925, CRSrekin adostasun osoa adieraziz. Berriz ere, gure emaitzak Hegoaldeko Unibertsitate Zentralean, Changsha, Txinan eta Liuzhou Herri Ospitaleko Liquu Liuzhou, Txinan, Lipenshou hiriko Laborategi Klinikoko Sailean. Aurreko estatistiken konkordantzia ona izan bada ere, Chi-Square proba (MacNemar proba) erakutsi zuen Sansure Biotech-eko azterketen emaitza estatistikoki esanguratsua izan duela CRS-rekin alderatuta (p <0,005). Aurreko estatistiken konkordantzia ona izan bada ere, Chi-Square proba (MacNemar proba) erakutsi zuen Sansure Biotech-eko azterketen emaitza estatistikoki esanguratsua izan duela CRS-rekin alderatuta (p <0,005). Несмотря на то, что было зафиксировано указанное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (Критерий Макнемара) что Результат Анализа Sansure Biotech имеет статистически значимое различие по сравнению с CRS (P < 0,005). Goiko hitzarmen estatistiko ona grabatu zen arren, Chi-Square proba (McNemar proba) erakutsi zuen Sansure Biotech azterketaren emaitza estatistikoki esanguratsua zuela CRS (P <0,005) alderatuta.尽管记录了上述良好的统计一致性, 但卡方检验 (MacNemar 检验) 表明, Sansure Biotech 检测的结果与 CRS 相比具有统计学显着差异 (P <0,005).尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性, 但 检验 ((MacNemar 检验 表明, Sansure Biotech 检测 结果 与 crs 相比 具有 与 ((P <0,005 ...................))))))))) Несмотря на отмеченное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (Критерий Макнемара) Показал Статистически значимую разницу (P <0,005) между анализом Sansure Biotech и CRS. Goian aipatutako hitzarmen estatistiko ona izan arren, Chi-Square proba (McNemar proba) estatistikoki esanguratsua izan zen (P <0,005) sansure bioteknologiaren eta CRSren artean.Sei lagin (% 3,66) negatibo faltsuak aurkitu ziren CRSekin alderatuta (1. taula osagarria); Oso garrantzitsua da hori, batez ere birusaren transmisioaren dinamika ikusita. Goiko datuek detekzio tasa baxua onartzen dute15.
Azterketa honetan, CT balioak zehaztu ziren azterketa eta dagozkien plataforma bakoitzerako, Abbott Sars-COV-2 azterketetan jakinarazi den CT balio txikiena izanik. Emaitza hau SARS-CoV-2 detekziorako Abbott-en aldi bereko proba genetiko konbinatuarekin lotuta egon daiteke. Hori dela eta, ABBOTT SARS-COV-2 emaitzak% 87,6k 20. irudien arabera, CT balioak izan zituen 20 urtetik beherakoak. Laginaren emaitza kopuru txikiak baino ez ziren (% 12,4) 20-30 barrutian zeuden. 30 baino gehiagoko CT balioak ez ziren grabatu. SARS-CoV-2 paneleko proba genetikoaren formatuaren erabileraz gain, emaitza hau detekzio-muga txikiagoarekin lotuta egon daiteke (32,5 RNA kopia / ml) 18, hau da, enpresaren 100 CRAFIC / ML-ko muga txikiagoa baino hiru aldiz txikiagoa da. ml) 19.
Azterketa honek muga batzuk ditu: lehenik eta behin, ez dugu estandar / erreferentziako metodoik [hala nola karga birikoa edo beste laborategiko probak (LDA) (LDA)] baliabide faltagatik. Bigarrena, azterketa honetan erabilitako ale guztiak swab nasofaringialak ziren, eta emaitzak ez ziren beste ale mota batzuetarako aplikagarriak izan, eta hirugarrena, gure laginaren tamaina txikia zen.
Azterketa honek Sars-Cov-2 Sars-Cov-en LAGUNTZA SAMPLES erabilitako Lau RRT-PCR-ren jardunaldia alderatu zuen. Detekzio-azterketek ia konparagarria izan zuten, Sansure Biotech-eko azterketa izan ezik. Gainera, positibotasun tasa baxua identifikatu zen Sansure Biotech azterketan CRS-rekin alderatuta (P <0,05). Gainera, positibotasun tasa baxua identifikatu zen Sansure Biotech azterketan CRS-rekin alderatuta (P <0,05). Кроме Того, в тесте SANSURE Biotech был выявлен низкий процент положительных результатов по сравнению с crs (p <0,05). Horrez gain, Sansure Biotech testak emaitza positiboen portzentaje baxua erakutsi zuen CRS-rekin alderatuta (p <0,05).此外, 与 crs 相比, Sansure Biotech 检测的阳性率较低 (P <0,05).此外, 与 crs 相比, Sansure Biotech 检测的阳性率较低 (P <0,05). Кроме Того, Анализ Sansure Biotech имел более низкий уровень положительтатов по сравнению с CRS (P <0,05). Horrez gain, Biotech-eko azterketak positibotasun tasa baxuagoa izan zuen CRSekin alderatuta (p <0,05).Sansure Biotech NCOV-2019-k (RUO) PPAren azterketa, NPA eta hitzarmen orokorra% 93,5 gainditu zuen Cohen Kappa-rekin 0,925eko akordioaren balioa. Azkenean, Sansure Biotech Assy-k (RUO) baliozkotze gehiago behar du Etiopian erabiltzeko, eta ikerketa osagarriak kontuan hartu beharko lirateke fabrikatzaile indibidualen erreklamazioak ebaluatzeko.
Azterketa konparatiboaren diseinua Osasun Instalazioetan egin zen Addis Ababa, EKAren Kotebe Ospitalea, Milurteko Eliza Tratamendu Zentroa, Zewooditu Memorial Ospitalea eta San Pedroko tuberkulosia espezializatua. Datuak 2020ko abenduaren 1etik 31ra bitartean bildu ziren. Ikerketa honetako mediku instalazioak nahita aukeratu ziren, kasu kopuru handia eta hiriko tratamendu zentro garrantzitsuen erabilgarritasuna oinarritzat hartuta. Era berean, ABI 7500 eta Abbott M2000 Tresna PCR tresnak barne, NATen erreaktiboen fabrikatzaileen gomendioen arabera hautatu ziren eta PCR hautemateko lau kit aukeratu ziren azterketa honetarako, Etiopiako laborategi gehienek gutxienez lau gutxienez erabili baitute. Gene proba, Abbott Sars-Cov-2 proba, Sansure Biotech proba eta SARS-COV-2 BGI proba azterketan zehar egin da).
SARS-COV-2 probatzea 2020ko abenduaren 1etik 30era egin zen, 3 ml garraio birikoko euskarri (VTM) erabiliz (Miraclean teknologia, Shenzhen, Txina), COVID-19-k EFIk aipatzen zuena. Lagin nasofaringak lagin-biltzaile trebatuek bildu zituzten eta Efi-ra bidali zituzten triple paketeetan. Azido nukleikoaren isolamendua baino lehen, lagin bakoitza identifikazio zenbaki bakarra esleitzen zaio. Erauzketa lagin bakoitzetik berehala egiten da, eskuzko eta erauzketa automatikoko metodoak erabiliz. Horrela, ABBOTT M2000, 1,3 ml-en (0,8 ml hildakoen erauzketa automatikoa eta 0,5 ml erauzketa automatikoa) lagin bakoitzari erauzi zitzaien lagin bakoitzari eta Abbott DNA Lagina prestatzeko sistemaren bidez igaro zen (Abbott Molekular Inc. des Plaines, IL, USA). ) 96 [92 lagin, bi detekzio kontrol eta bi kontrol kontrolatu (NTC) (SARS-CoV-2 (EUA) bi txandatan (berreskuratzea eta hautematea) sartu zen denbora errealean. Meatzaritza. Era berean, eskuzko erauzketa egiteko, erabili lagin berdinak (erauzketa automatikoa eta aurkikuntzarako). Horrela, prozesuan zehar, 140 μL laginak aldatu eta atera ziren Qiamp Viral RNA Mini Kit (Qiagen Gmbh, Hilden, Alemania) 24 lotetan (20 lagin, bi azterketa eta bi NTC) bederatzi txandatan. Eskuz ateratako eluek ABI 7500 Cycler termiko bat erabiliz anplifikatu eta antzeman ziren SARS-COV-2 BGI SAUSY, DAAN Gene Sasey eta Sansure Biotech-eko azterketa erabiliz.
SARS-COV-2 Viral RNAren isolamendu automatizatua eta araztegia Presa magnetikoaren printzipioa jarraitzen du Abbott DNA Lagina prestatzeko erreaktiboak erabiliz. Partikula birikoen laginak eta inolburgizazioa aktibatzea da Guanidine Isothoozikanatoa duen detergente bat erabiliz proteina eta desaktibatzeko rnasea desaktibatzeko. Gero, RNA fase solidoaren bereizketa silizearen bidez bereizten da, hau da, Guanidinium gatza eta Lisy Bufferren pH alkalinoak azido nukleikoen lotura sustatzen du silizeari (SIO2). Arropa urratsez gainditzen da proteinak eta hondakinak konponbide garbia sortzeko. RNA gardena silizea oinarritutako mikropartikuletatik isolatuta dago, instrumentuaren eremu magnetikoa erabiliz20. Bestalde, eskuzko isolamendua eta Arna araztea espiritu zutabe metodoaren bidez egiten da zentrifugazioa erabiliz, eluentetik mikropartikulak bereizteko.
Abbott denbora errealean SARS-COV-2 detekzio-proba (Abbott Molekularra, Inc.) fabrikatzailearen argibideen arabera egin zen, EA19,22 Nor eta FDArengandik jaso zuen. Protokolo honetan, laginak erauzketa aurretik, 56 ºC-tan 56 ºC-tan egin zen. Birusak aktibatu ondoren, azido nukleikoaren erauzketa ABBUTT M2000 SP instrumentu batean egin zen 0,5 ml VTM-tik Abbott M2000 DNA Lagina prestatzeko sistema erabiliz. fabrikatzailearen arabera. Anplifikazioa eta detekzioa Abbott M2000 RT-PCR tresna erabiliz egin ziren, eta detekzio bikoitza egin zen RDRP eta N geneentzat. Rox) eta vic p (tindaketa jabea) barne kontrolak bideratzeko eta hautemateko, bi anplifikazio produktuak aldi berean hautematea ahalbidetuz.
Kit honen anplifikazioak detektatzeko metodoa urratseko RT-PCR teknologian oinarritzen da. Orf1a / B eta N geneak Daan Gene teknologiak kontserbatutako eskualdeak aukeratu zituzten xede eskualde anplifikazioa hautemateko. FAM-ekin etiketatutako fam, orf1a / b-rekin etiketatutako zundak (N gene zundak, Vic-ekin etiketatutako zundak) Sars-Cov-2 RNA laginetan detektatzeko diseinatu dira. Azken eluentea eta master nahasketak prestatu ziren Master 2 μL-ko 5 μL-ko 20 μL-ko 25 μl-ko azken bolumenarekin gehituz. Anplifikazioa eta hautematea aldi berean egin ziren PCR tresna errealeko ABI 750024 batean.
Orf1a / B eta N geneak hauteman ziren Sansure Biotech NCOV-2019 azido nukleikoko diagnostikoko kit erabiliz (PCR fluoreszenteak hautematea). Prestatu xede gene bakoitzeko zunda espezifikoak Orf1a / B eskualdeko eta ROX kanalaren N Gene-rako. Saioa hartzeko kit hau, Eluentea eta Master nahasketa erreaktiboak honela gehitzen dira: Prestatu 30 μL Master Master Reagent eta 20 μl-ek detektatzeko / anplifikatzeko. Denbora errealeko PCR ABI 750025 anplifikazioa / detekziorako erabili zen.
SARS-COV-2 BGI proba COVID-19 diagnostikorako RRT-PCR kit fluoreszentea da. Xede eskualdea SARS-COV-2 genomaren Orf1a / B eskualdean dago, hau da, gene bakarra hautemateko metodoa da. Gainera, giza etxeko etxeko Gene β-Actin barneko xede gene bat da. Nahasketa nagusia prestatzen da 20 μL nahasketa erreaktiboaren eta 10 μl extracted RNA lagina putzu batean26. ABI 7500 puntu errealeko PCR tresna kuantitatiboko fluoreszente bat anplifikazioa eta hautematea erabili zen. Azido nukleikoaren anplifikazio guztia, azterketa bakoitzeko PCR exekutatzeko baldintzak eta emaitzen interpretazioa dagozkien fabrikatzailearen argibideen arabera (3. taula).
Analisi konparatibo honetan ez dugu erreferentziako metodo estandarra erabili ehuneko akordioa (positiboa, negatiboa eta orokorra) eta lau analisietarako konparazio parametro batzuk zehazteko. Proba-konparazio bakoitza CRS-rekin egin zen, azterketa honetan CRS "edozein positibo" arauak ezarri zuen eta emaitza zehaztu zen, ez gutxienez bi proba emaitza bat erabili genituen. Gainera, COVID-19 transmisioaren kasuan, emaitza negatibo faltsuak emaitza positibo faltsuak baino arriskutsuagoak dira. Hori dela eta, CRS emaitzatik ahalik eta zehaztasun handienean esatea, gutxienez bi azterketa positiboak izan behar dira, hau da, gutxienez, emaitza positibo bat litekeena da EUAren azterketatik etorriko dela. Horrela, lau probetatik ateratako emaitzak, emaitza bera ematen duten bi emaitza edo gehiago dira benetako positibotzat edo negatibotzat18,27.
Datuak egituratutako datuen erauzketa inprimakiak erabiliz bildu ziren, datuen sarrera eta azterketa egin ziren Excel Statistical Software eta SPSS bertsioa erabiliz, estatistika deskribatzaileentzat. Positiboa, negatiboa eta ehuneko akordio orokorra aztertu ziren eta Kappa puntuazioa CRS-rekin metodo bakoitzaren adostasun maila zehazteko erabili zen. Kappa balioak honela interpretatzen dira: 0,01 eta 0,20 hitzarmen arina lortzeko, adostasun orokorrerako 0,21 eta 0,60 hitzarmen moderatua lortzeko, 0,61-0,80 akordio nagusirako eta 0,81-0,99 akordio osorako eta hitzarmen osorako.
Garbiketa etikoa Addis Ababa Unibertsitatean lortu zen eta azterketa honetako protokolo esperimental guztiak Etiopiako Osasun Publikoko Institutuaren Etika Zientifikoen Iritzia Batzordeak onartu zituen. EPHI Etika Lizentziaren erreferentzia zenbakia Efi / IRB-279-2020 da. Metodo guztiak aplikatu ziren COVID-19 tratatzeko Etiopiako jarraibide integralen gomendioen eta xedapenen arabera. Gainera, azterlanean parte hartu baino lehen azterketa-parte-hartzaile guztietatik idatzitako baimen informatua lortu zen.
Azterketa honetan lortutako edo aztertutako datu guztiak argitaratutako artikulu honetan sartzen dira. Azterketa honen emaitzak onartzen dituzten datuak dagozkien egilearen eskuragarri daude, zentzuzko eskaeraren arabera.
Munduko Osasun Erakundea. Gomendioak laborategiko probetarako estrategiak Covid-19: Behin-behineko orientabideak, 2020ko martxoaren 21a. Who / 2019-NCOV / Lab_testing / 2020.1 (Nor, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI Covid-19 Diagnosi adimenduna Larrialdi Sailean: Guztiak praktikan. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI Covid-19 Diagnosi adimenduna Larrialdi Sailean: Guztiak praktikan.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. eta Gurgulianis, KI COVID-19 diagnostiko adimenduna larrialdi sailean: praktikan dena.Muliou ds, Pantazopoulos I. eta Gurgulyanis Ki Covid-19 diagnostiko adimenduna larrialdi sailetan: amaierako integrazioa praktikan. Aditu adituak Resperend. medikuntza. 3, 263-272 (2022).
Mitchell, SL eta St George, K. Covid19 IDaren ebaluazioa EUAk. Mitchell, SL eta St George, K. Covid19 IDaren ebaluazioa EUAk.Mitchell, SL eta St. George, K. Covid19 IDaren ebaluazioa EUAk.Mitchell SL eta St. George K. Covid19 IDaren ebaluazioa EUAk. J. Klinikoa. Birus. 128, 104429. Https://doi.org/10.1016/1016/10104429 (2020).
MOE. 2019ko Coronavirus gaixotasuna (Covid-19) ustezko giza gaixotasunean. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (2020ko abuztuaren 15ean sartu da) (Nor, 2020).
Udugama, B. et al. Covid-19 Diagnostikoa: Gaixotasunak eta Proba tresnak. ACS Nano 14 (4), 3822-3835 (2020).
Syed S. et al. Ekialdeko, Erdialdeko eta Hegoaldeko Afrikako patologoen unibertsitatea ezartzea - ​​Ekialde Hurbileko eta Hegoafrikako Patologia Eskualdeetako Eskola. Afrika J. Lab. medikuntza. 9 (1), 1-8 (2020).
Osasun Publikoko Etiopiako Institutua, Osasun Ministerio Federala. KOVID-19 laborategiko diagnostikorako estrategia eta orientazio nazionala. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/ephi_pheoc_covid-19_laboratoratoratory_diagnosi_eng.pdf (2020ko abuztuaren 12an sartu) (EFI, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, SARS-COV-2 infekzioen erronkak eta inplikazioak egiteko proba negatibo faltsuak dira. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, SARS-COV-2 infekzioen erronkak eta inplikazioak egiteko proba negatibo faltsuak dira.Voloshin S., Patel N. eta Kesselheim SARS-COV-2 infekzioetarako eta horien ondorioetarako proba faltsuak dira.Voloshin S., Patel N. eta Kesselheim probokaziorako proba faltsuak eta Sars-Cov-2 infekzioak izan ditzakeen eragina. N. ENG. J. Medikuntza. 383 (6), E38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI faltsua-positiboa eta faltsua Covid-19 kasu: arnasketa prebenitzeko eta kudeatzeko estrategiak, txertaketa eta ikuspegi gehiago. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI faltsua-positiboa eta faltsua Covid-19 kasu: arnasketa prebenitzeko eta kudeatzeko estrategiak, txertaketa eta ikuspegi gehiago. Mouliou, Ds & Gourgoulianis, Ki ложноположительноположительноположительные и ложнотрицаи Covid-19: Респираторная профилактика и стратегии лечения, Вакцинация и дальнейшие перспективы. Mouliou, Ds & Gourgoulianis, KI kovidio-19 kasu negatibo positibo faltsuak eta faltsuak: arnasketa prebenitzeko eta tratatzeko estrategiak, txertaketa eta bidea aurrera egiteko bidea.Muliu, DS eta Gurgulianis, KI COVID-19 kasu faltsuak eta faltsuak dira: arnas prebentziorako eta tratamenduaren estrategiak, txertoa eta aurrera egiteko estrategiak. Aditu adituak Resperend. medikuntza. 15 (8), 993-1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Covid-19 Diagnostikoa Larrialdi Sailean: zuhaitza ikustea baina basoa galtzea. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Covid-19 Diagnostikoa Larrialdi Sailean: zuhaitza ikustea baina basoa galtzea.Mouliou, DS, Ioannis, P. eta Konstantinos, G. Covid-19 Diagnostikoa Larrialdi Sailean: ikusi zuhaitza, basoa galdu.Muliou DS, Ioannis P. eta Konstantinos G. Covid-19 Diagnostikoa larrialdietan: zuhaitzetarako ez da nahikoa baso. Agertu. medikuntza. J. https://doi.org/10.1136/emersed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. et al. Abbott Realtime Sars-COV-2 azterketariaren errendimendu analitiko eta klinikoa balioztatzea eta baliozkotzea. J. Klinikoa. Birus. 129, 104474. Https://doi.org/10.1016/0j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, Aa, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Konparazio bost Primer COVID-19-ko genoma-19, RT-PCR konbentzionalaren bidez birusaren infekzioa detektatzeko. Mollaei, HR, Afshar, Aa, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. COVID-19 COVID-19 Genoma-19 eskualde desberdinetako bost primarioak konparatzea RT-PCR konbentzionalaren bidez birusen infekzioa detektatzeko.Mollaei, HR, Afshar, Aa, Kalanar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. eta Aflatunyan, B. RT-PCR konbentzionalaren bidez infekzio birikoa hautemateko bost primariko lehen primarioak. Mollaei, HR, Afshar, Aa, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自 Covid-19 不同基因组区域的五个引物组, 用于通过常规 RT-PCR 检测病毒感染. Mollaei, HR, Afshar, Aa, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. COVID-19 5 eskualde genetiko desberdinen konparazioa RT-PCR konbentzionalaren bidez infekzio birikoa detektatzeko.Mollaei HR, Afshar Aa, Kalantar-Neyestanaki d, Fazlalipour M. eta Aflatunyan B. COVID-19 eskualde desberdinetako bost multzoen konparazioa RT-PCR konbentzionalaren bidez infekzio birikoa hautemateko.Iran. J. Mikrobiologia. 12 (3), 185 (2020).
Goertzer, I. et al. SARS-COV-2 genomaren sekuentziak hautemateko Kanpo Kalitate Ebaluazio Programa Nazionalaren aurretiazko emaitzak. J. Klinikoa. Birus. 129, 104537. Https://doi.org/10.1016/3016/2020.104537 (2020).
Wang, M. et al. RT-PCR bost kitak eraginkortasunaren ebaluazio analitikoa Arnasketa akutuaren sindrome larriagatik Coronavirus 2. J. Klinikoa. Laborategia. anus. 35 (1), E23643 (2021).
Wang B. et al. Zazpi komertzialki eskuragarri dauden SARS-COV-2 RNA hautemateko kitak Txinan, denbora errealean polimerasaren kate erreakzioan (PCR) oinarritzat hartuta. Klinikoa. Kimikoa. Laborategia. medikuntza. 58 (9), E149-E153 (2020).
Van Casteren, PB et al. Zazpi RT-PCR COVID-19 COVID-19 diagnostikoko kitak konparatzea. J. Klinikoa. Birus. 128, 104412 (2020).
Lu, yu, eta SARS-CoV-2 azido nukleikoak hautemateko bi PCR kiten diagnostikoen errendimendua. J. Klinikoa. Laborategia. anus. 34 (10), E23554 (2020).
LEFART, PR eta abar. Sars-Cov-2 azido nukleikoko anplifikazio proben azterketa konparatiboa (NAAT) plataformek erakutsi zuten IDa orain errendimendua nabarmen degradatu zela gaixoaren eta lagin motaren arabera. Diagnostikoa. Mikrobiologia. Kutsatu. (e) 99 (1), 115200 (2021).
Abbott molekula. Abbott denbora errealeko SARS-COV-2 analisi paketearen txertaketa. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/realtime-sars-cov-2-assay. 1-12. (2020ko abuztuaren 10etik aurrera) (2020).
Klein, S. et al. SARS-COV-2 RNA isolamendua RT-QPCR eta RT-lanpararen bidez eskala handiko detekzio azkarrerako ale magnetikoak erabiliz. Birusa 12 (8), 863 (2020).