Etiopian SARS-CoV-2 identifikatzeko lau azido nukleikoen anplifikazio-saiakuntzaren errendimendua

Eskerrik asko Nature.com bisitatzeagatik. CSS euskarri mugatua duen arakatzailearen bertsio bat erabiltzen ari zara. Esperientzia onena lortzeko, arakatzaile eguneratu bat erabiltzea gomendatzen dizugu (edo Internet Explorer-en bateragarritasun modua desgaitzea). Gainera, etengabeko laguntza bermatzeko, gunea estilorik eta JavaScriptik gabe erakusten dugu.
Hiru diapositiba aldi berean dituen karrusel bat erakusten du. Erabili Aurrekoa eta Hurrengoa botoiak hiru diapositiba aldi berean mugitzeko, edo erabili amaierako graduatzaile botoiak hiru diapositiba aldi berean mugitzeko.
2019ko koronabirus gaixotasunaren (COVID-19) agerraldiaz geroztik, azido nukleikoen anplifikazio-proba (NAAT) komertzial asko garatu dira mundu osoan, eta analisi estandar bihurtu dira. Hainbat proba azkar garatu eta laborategiko diagnostiko-probetan aplikatu diren arren, proba horien errendimendua ez da hainbat testuingurutan ebaluatu. Hori dela eta, ikerketa honek Abbott SARS-CoV-2, Daan Gene, BGI eta Sansure Biotech analisien errendimendua ebaluatzea izan du helburu, Konposite Erreferentzia Estandarra (CRS) erabiliz. Ikerketa Etiopiako Osasun Publikoko Institutuan (EPHI) egin zen, 2020ko abenduaren 1etik 30era. 164 nasofaringeo lagin atera ziren QIAamp RNA mini kit-a eta Abbott DNA laginak prestatzeko sistema erabiliz. 164 laginetatik, % 59,1 positiboak izan ziren eta % 40,9 negatiboak CRSrako. Sansure Biotech-en positibotasuna nabarmen baxua izan zen CRS-rekin alderatuta (p < 0,05). Sansure Biotech-en positibotasuna nabarmen baxua izan zen CRS-rekin alderatuta (p < 0,05). Положительные результаты Sansure Biotech были значительно ниже по сравнению с CRS (p < 0,05). Sansure Biotech-en emaitza positiboak CRS-rekin alderatuta nabarmen txikiagoak izan ziren (p < 0,05).与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0,05）。与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0,05）。 У Sansure Biotech было значительно меньше положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Sansure Biotechek emaitza positibo nabarmen gutxiago izan zituen CRSrekin alderatuta (p < 0,05).Lau analisietan lortutako adostasun orokorra % 96,3-100ekoa izan zen CRSrekin alderatuta. Sansure Biotech analisiak izan zuen positibotasun-tasa baxuaz gain, lau analisien errendimendua ia konparagarria izan zen. Horregatik, Sansure Biotech [Ikerketa Bakarrik (RUO)] analisiak balidazio gehigarria behar du Etiopian erabiltzeko. Azkenik, ikerketa gehigarriak kontuan hartu beharko lirateke fabrikatzailearen baieztapen egokiak dituzten analisiak ebaluatzeko.
Laborategiko probak Osasunaren Mundu Erakundearen (OME) 2019ko Koronabirus Gaixotasunerako (COVID-19) Prestaketa eta Erantzun Plan Estrategikoaren (SPRP) parte dira. OMEk aholkatzen du herrialdeek laborategiko gaitasuna eraiki behar dutela prestaketa, kasuen kudeaketa egokia, zaintza eta osasun publikoko erronkei erantzuteko azkarra hobetzeko. Horrek iradokitzen du laborategiaren eginkizuna funtsezkoa dela gaixotasuna eta agente infekzioso emergenteen epidemiologia karakterizatzeko eta haien hedapena kontrolatzeko.
COVID-19aren diagnostikoak informazio epidemiologikoa eta medikoa, sintoma/zeinu pertsonalak eta datu erradiografikoak eta laborategikoak behar ditu2. COVID-19aren agerraldia Wuhanen (Txina) jakinarazi zenetik, azido nukleikoen anplifikazio-proba komertzial asko (NAAT) garatu dira mundu osoan. Denbora errealeko alderantzizko transkripzio polimerasaren kate-erreakzioa (rRT-PCR) erabili da arnas sindrome akutu larriaren 2 (SARS-CoV-2)3 infekzioaren laborategiko diagnostikorako metodo arrunt eta estandar gisa. SARS-CoV-2ren detekzio molekularra normalean birus-genomatik identifikatutako ORF1a/b (irakurketa-marko irekia 1a/b) eskualdeko N (nukleokapside proteina genea), E (mintzagai proteina genea) eta RdRp (RNA-menpeko RNA polimerasa genea) geneetan oinarritzen da. Birusak ezagutzeko birus-genomatan aurkitzen diren eskualde kontserbatu nagusitzat hartzen dira4. Gene horien artean, RdRp eta E geneek detekzio analitikorako sentikortasun handia dute, eta N geneak, berriz, sentikortasun analitiko baxua5.
PCR analisiak egiteko errendimendua hainbat faktoreren arabera alda daiteke, hala nola: erauzketa-erreaktiboak, anplifikazio/detekzio-erreaktiboak, erauzketa-metodoa, PCR makinaren kalitatea eta beste tresna batzuk. 2020ko apiriletik aurrera, bederatzi herrialdetako 48 diagnostiko-gailu baino gehiagok Larrialdiko Erabilera Baimena (EUA) jaso dute COVID-196 diagnostikoetarako. Etiopian, 14 denbora errealeko PCR plataforma baino gehiago erabiltzen dira SARS-CoV-2 PCR detektatzeko 26 osasun publikoko erakundetan, besteak beste, ABI 7500, Abbott m2000, Roche 48000 eta Quant-studio7. Horrez gain, hainbat PCR proba-kit daude eskuragarri, hala nola Daan Gene testa, Abbott SARS-CoV-2 testa, Sansure Biotech testa eta SARS-CoV-2 BGI testa. rRT-PCR oso sentikorra den arren, COVID-19 duten paziente batzuek emaitza faltsu negatiboak ematen dituzte, laginetan azido erribonukleiko (RNA) biralaren kopia nahikorik ez dagoelako, bilketa, garraio, biltegiratze eta manipulazio desegokiak eta laborategiko probak behar bezala ez egiteagatik. langileen baldintzak eta ekintzak8. Horrez gain, laginen edo kontrolen manipulazio okerrak, zikloaren atalasearen (Ct) ezarpenak eta beste azido nukleiko patogeno batzuekin edo SARS-CoV-2 RNA inaktibo/hondarrarekin gurutzatutako erreaktibotasunak emaitza faltsu positiboak eman ditzakete rRT-PCR9 analisietan. Beraz, argi dago PCR probek gene-zatiak eramaile gisa identifikatu ditzaketela, benetan aktibo dauden birus-geneen artean bereizteko ere ezin baitute, beraz, probek eramaileak bakarrik identifikatu ditzakete eta ez pazienteak10. Hori dela eta, garrantzitsua da diagnostiko-errendimendua ebaluatzea gure inguruneko metodo estandarrak erabiliz. NAAT erreaktibo asko eskuragarri dauden arren Etiopiako Osasun Publikoko Institutuan (EPHI) eta herrialde osoan, oraindik ez da haien eraginkortasunaren ebaluazio konparatiborik jakinarazi. Hori dela eta, ikerketa honen helburua SARS-CoV-2 detektatzeko merkataritzan eskuragarri dauden kiten errendimendu konparatiboa ebaluatzea izan zen, lagin klinikoak erabiliz rRT-PCR bidez.
COVID-19aren susmoa zuten 164 parte-hartzaile sartu ziren ikerketa honetan. Lagin gehienak tratamendu-zentroetatik zetozen (118/164 = % 72), eta gainerako 46 parte-hartzaileak (% 28) tratamendurik gabeko zentroetatik zetozen. Zentroan artatu ez ziren parte-hartzaileen artean, 15ek (% 9,1) kasu klinikoki susmagarriak zituzten eta 31k (% 18,9) kasu baieztatuen kontaktuak zituzten. Laurogeita hamahiru (% 56,7) parte-hartzaile gizonezkoak ziren, eta parte-hartzaileen batez besteko adina (± SD) 31,10 (± 11,82) urtekoa zen.
Ikerketa honetan, COVID-19aren lau proben positibo eta negatibo tasak zehaztu ziren. Horrela, Abbott SARS-CoV-2 analisiak, Daan Gene 2019-nCoV analisiak, SARS-CoV-2 BGI analisiak eta Sansure Biotech 2019-nCoV analisiak lortutako emaitza positiboen tasak % 59,1, % 58,5, % 57,9 eta % 55,5 izan ziren, hurrenez hurren. Erreferentziazko estandar konposatuaren (CRS) puntuazio positibo eta negatiboak % 97 (% 59,1) eta % 67 (% 40,9) izan ziren, hurrenez hurren (1. taula). Ikerketa honetan, CRSren definizioa "edozein positibo" arauan oinarritu zen, non lau proben emaitzetatik, emaitza bera eman zuten bi edo gehiago benetako positibo edo negatibotzat hartzen ziren.
Ikerketa honetan, % 100eko ehuneko adostasun negatiboa (NPA) aurkitu dugu (% 95eko CI 94,6–100) analisi guztietan CRSrekin alderatuta. Sansure Biotechnology-ren analisiak % 93,8ko PPA minimoa erakutsi zuen (% 95eko CI 87,2-97,1) eta Daan Gene 2019-nCoV-ren analisiak % 99,4ko adostasun orokorra izan zuen (% 95eko CI 96,6-99,9). Aldiz, SARS-CoV-2 BGI analisiaren eta Sansure Biotech 2019-nCoV analisiaren arteko adostasun orokorra % 98,8 eta % 96,3koa izan zen, hurrenez hurren (2. taula).
Cohenen kappa koefizientearen adostasuna CRS eta Abbott SARS-CoV-2 analisi emaitzen artean guztiz koherentea izan zen (K = 1.00). Era berean, Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI eta Sansure Biotech 2019-nCoV-ek detektatutako Cohenen kappa balioak ere guztiz koherenteak dira CRSrekin (K ≥ 0.925). Konparazio-analisi honetan, khi-karratu probak (McNemar proba) erakutsi zuen Sansure Biotech 2019-nCoV analisi emaitzak CRS emaitzetatik nabarmen desberdinak zirela (p = 0.031) (2. taula).
Irudian erakusten den bezala.1 Abbott SARS-CoV-2 analisiak (RdRp eta N gene konbinatuak) Ct balio baxuenen ehunekoa (< 20 Ct) % 87,6koa izan zen, eta Sansure Biotech 2019-nCoV analisiak ORF1a/b genearen Ct balioak erakutsi zuen Ct balio baxuen ehunekoa (< 20 Ct) % 50,3koa zela eta Ct balio altuena (36–40 Ct) % 3,2koa. 1 Abbott SARS-CoV-2 analisiak (RdRp eta N gene konbinatuak) Ct balio baxuenen ehunekoa (< 20 Ct) % 87,6koa izan zen, eta Sansure Biotech 2019-nCoV analisiak ORF1a/b genearen Ct balioak erakutsi zuen Ct balio baxuen ehunekoa (< 20 Ct) % 50,3koa zela eta Ct balio altuena (36–40 Ct) % 3,2koa.Irudian erakusten den bezala.1, процент наименьшего значения Ct (< 20 Ct) анализа Abbott SARS-CoV-2 (комбинированный ген RdRp и N, %6си, 8 тав и N) значение Ct гена ORF1a/b анализа Sansure Biotech 2019-nCoV показало что процент низкого значения Ct (< 2019-nCoV показало что процент низкого значения Ct (<% 20, сло5) а высокое значение Ct (36–40 Ct) составляло % 3,2. 1ean, Abbott SARS-CoV-2-ren (RdRp eta N gene konbinatuak) Ct balio baxuenaren ehunekoa (< 20 Ct) % 87,6koa izan zen, eta Sansure Biotech 2019-nCoV-ren ORF1a/b genearen Ct balioaren analisiak erakutsi zuen Ct balio baxukoen ehunekoa (< 20 Ct) % 50,3koa zela eta balio handiko Ct-rena (36–40 Ct) % 3,2koa.如图1 所示，Abbott SARS-CoV-2 检测（结合RdRp 和N 基因）的最低Ct 值百分比（< 20% Biotech，Sansur. 2019-nCoV 检测的ORF1a/b 基因Ct 值显示低Ct 值(< 20 Ct) 的百分比为%50,3，高Ct 值(36)–40 Ct的百分比为%3,2. 1. irudian ikusten den bezala, Abbott SARS-CoV-2 probaren (RdRp eta N geneen konbinazioa) Ct balio ehuneko baxuena (< 20 Ct) % 87,6 da, Sansure Biotech 2019-nCoV probaren ORF1a/b genearen Ct balioak Ct baxua (< 20 Ct) ehunekoa % 50,3 da eta Ct portzentajea (36–40 Ct) ehunekoa % 3,2 da. Как показано на рисунке 1, анализ Abbott SARS-CoV-2 (сочетающий гены RdRp и N) имел самое низкое нтрое нтрое Ct (< 20 Ct) в размере 87,6%, а значение Ct гена ORF1a/b в исследовании Sansure Biotech 2019- Анализ nCoV покатззкай Ct. 1. irudian erakusten den bezala, Abbott SARS-CoV-2 analisiak (RdRp eta N geneak konbinatuz) izan zuen Ct balio ehuneko baxuena (< 20 Ct), % 87,6rekin, eta ORF1a/b genearen Ct balioak, berriz, Sansure Biotech 2019 ikerketan – nCoV-ren analisiak Ct baxua erakutsi zuen. Процент значений (< 20 Ct) составил % 50,3, а процент высоких значений Ct (36–40 Ct) составил % 2,2. Balioen ehunekoa (< 20 Ct) % 50,3 izan zen, eta Ct balio altuena (36–40 Ct) ehunekoa % 3,2.Abbott SARS-CoV-2 B probak 30etik gorako Ct balioak erregistratu zituen. Bestalde, BGI SARS-CoV-2 azterketan, ORF1a/b geneak Ct balio altua izan zuen (> 36 Ct), ehunekoa % 4koa izanik (1. irudia). Bestalde, BGI SARS-CoV-2 azterketan, ORF1a/b geneak Ct balio altua izan zuen (> 36 Ct), ehunekoa % 4koa izanik (1. irudia). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a/b имел высокое значение Ct (> 36 Ct), процент ков 4% котлсонт (er. 1). Bestalde, BGI SARS-CoV-2 genearen analisian, ORF1a/b-k Ct balio altua izan zuen (> 36 Ct), eta ehunekoa % 4koa izan zen (1. irudia).另一方面，在BGI SARS-CoV-2 检测中，ORF1a/b 基因具有高Ct 值（> 36 Ct）的百分比一分比一㸀比（4% Bestalde, BGI SARS-CoV-2 detekzioan, Ct balio altua (>36 Ct) duen ORF1a/b genearen ehunekoa % 4koa da (1. irudia). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 процент генов ORF1a/b с высокими значениями Ct (>36 Ct) со 4тар со. Bestalde, BGI SARS-CoV-2 analisian, Ct balio altuak (>36 Ct) zituzten ORF1a/b geneen ehunekoa % 4koa izan zen (1. irudia).
Ikerketa honetan, 164 nasofaringeo lagin hartu genituen. Saiakuntza mota guztietarako, RNAren isolamendua eta anplifikazioa fabrikatzaileek gomendatutako metodo eta kitek erabiliz egin ziren.
Ikerketa honek frogatu zuen SARS-CoV-2rako Abbott-en probak CRS-ren detekzio-errendimendu bera duela, % 100eko positibo, negatibo eta konkordantzia orokorrarekin. Cohen-en kappa adostasuna 1,00 da, CRS-rekin adostasun osoa adieraziz. Washingtongo Unibertsitateak (AEB) egindako antzeko ikerketa batek aurkitu zuen SARS-CoV-2rako Abbott probaren sentikortasun eta espezifikotasun orokorra % 93 eta % 100 zirela, hurrenez hurren, CDCren laborategian zehaztutako analisiarekin (LDA) alderatuta. 11. Abbott SARS-CoV-2 detekzio-sistema N eta RdRp geneen aldibereko detekzio konbinatuan oinarritzen da, bi geneak sentikorragoak baitira, negatibo faltsuak minimizatuz12. Vienan (Austria) egindako ikerketa batek ere erakutsi zuen erauzketa-lagin-bolumen handiek eta detekzio-eluente-bolumenek diluzio-efektuak minimizatu eta detekzio-eraginkortasuna handitu zutela13. Horrela, Abbott-en SARS-CoV-2 analisirako parekatze perfektua plataforma detekzio sistema batekin lotu daiteke, aldi berean gene konbinatorioak detektatzen dituena, lagin kopuru handia ateratzen duena (0,5 ml) eta eluente kantitate handia erabiltzen duena (40 µl).
Gure emaitzek ere erakutsi zuten Daan proba genetikoaren detekzio-errendimendua CRS-renaren ia berdina zela. Hori bat dator Txinako Huainango Anhui Unibertsitatean egindako ikerketa batekin14, eta fabrikatzaileak % 100eko adostasun positiboa eman duela dioenarekin. Emaitza koherenteak izan arren, lagin bat faltsu negatiboa izan zen eluatu bera berriro probatu ondoren, baina positiboa izan zen Abbott SARS-CoV-2 eta Sansure Biotech nCoV-2019 analisietan. Horrek iradokitzen du aldakortasuna egon daitekeela emaitzetan analisi mota desberdinetan. Hala ere, Txinan15 egindako ikerketan, Daan Genearen analisiak emaitza nabarmen desberdina izan zuen (p < 0,05) laborategian definitutako erreferentziazko analisiarekin alderatuta. Hala ere, Txinan15 egindako ikerketan, Daan Genearen analisiak emaitza nabarmen desberdina izan zuen (p < 0,05) laborategian definitutako erreferentziazko analisiarekin alderatuta. Тем не менее, в исследовании, проведенном в Китае15, результат анализа Daan Gene значитенном в Китае15, результат анализа Daan Gene значитенном (5) их лабораторного эталонного анализа. Hala ere, Txinan egindako ikerketa batean15, Daan Generen analisi-emaitza nabarmen desberdina izan zen (p < 0,05) haien laborategiko erreferentzia-analisiarekin alderatuta.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异（p < 0,05).然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差<0,05 Однако в исследовании, проведенном в Китае15, результаты генетического теста Daan значитоp
0,05) по сравнению с его эталонным лабораторным тестом. Hala ere, Txinan egindako ikerketa batean15, Daanen proba genetikoaren emaitzak nabarmen desberdinak izan ziren (p < 0,05) erreferentziazko laborategiko probarekin alderatuta.Desadostasun hau SARS-CoV-2 detektatzeko erreferentziazko probak duen sentikortasunagatik izan daiteke, eta ikerketa gehiago garrantzitsuak izan daitezke kausa zehazteko.
Horrez gain, gure ikerketak SARS-CoV-2 BGI analisiak CRSrekin duen errendimendu konparatiboa ebaluatu zuen, ehuneko positibo bikaina (PPA = % 97,9), ehuneko negatiboa (NPA = % 100) eta generoaren araberako ehuneko adostasun orokorra (OPA) erakutsiz. (% 98,8). Cohen-en Kappa balioek adostasun ona erakutsi zuten (K = 0,975). Herbehereetan16 eta Txinan15 egindako ikerketek emaitza koherenteak erakutsi dituzte. SARS-CoV-2 BGI testa gene bakarreko (ORF1a/b) detekzio-proba bat da, 10 µl anplifikazio/detekzio eluatu erabiliz. Gure erreferentziako emaitzekin adostasun estatistiko ona izan arren, analisiak lagin osoaren bi lagin positibo (% 1,22) galdu zituen. Horrek ondorio kliniko handiak izan ditzake transmisio-dinamikan, bai paziente mailan, bai komunitate mailan.
Ikerketa honetan sartutako beste analisi konparatibo bat Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO) saiakuntza izan zen; bat etortze-ehuneko orokorra % 96,3koa izan zen. Adostasunaren indarra Cohen-en Kappa balioaren bidez ere zehaztu zen, 0,925ekoa izanik, CRS-rekin bat etortze osoa adieraziz. Berriz ere, gure emaitzak berdinak dira Txinako Changshako Hegoaldeko Unibertsitate Zentralean eta Txinako Liuzhouko Herri Ospitaleko Laborategi Kliniko Sailean egindako ikerketekin, Liuzhou hirian17. Goian aipatutako konkordantzia estatistiko ona lortu bazen ere, khi-karratu probak (MacNemar proba) erakutsi zuen Sansure Biotech analisiak CRSrekin alderatuta aldea estatistikoki esanguratsua izan duela (p < 0,005). Goian aipatutako konkordantzia estatistiko ona lortu bazen ere, khi-karratu probak (MacNemar proba) erakutsi zuen Sansure Biotech analisiak CRSrekin alderatuta aldea estatistikoki esanguratsua izan duela (p < 0,005). Несмотря на то, что было зафиксировано указанное выше хорошее статистическое сототировано выше хорошее статистическое сототеровано хи-квадрат (критерий Макнемара) показал, что результат анализа Sansure Biotech имеет статистически злески злески залески по сравнению с CRS (p < 0,005). Goiko estatistikoki adostasun ona erregistratu bazen ere, khi-karratu probak (McNemar proba) erakutsi zuen Sansure Biotech analisiak CRSrekin alderatuta aldea estatistikoki esanguratsua zuela (p < 0,005).尽管记录了上述良好的统计一致性，但卡方检验（MacNemar 检验）表明，Sansure Biotech 最有有方检验相比具有统计学显着差异（p < 0,005）。尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 ， 但 检验 （（macnemar 检验 表明 ， biotech ， 检验 ，与 crs 相比 具有 显着 （（p <0,005。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。））） Несмотря на отмеченное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий хи-квадратрат) показал статистически значимую разницу (p < 0,005) между анализом Sansure Biotech eta CRS. Goian aipatutako adostasun estatistiko ona izan arren, khi-karratu probak (McNemar testa) aldea estatistikoki esanguratsua izan zela erakutsi zuen (p < 0,005) Sansure Biotech analisiaren eta CRSren artean.Sei lagin (% 3,66) faltsu negatibo gisa aurkitu ziren CRSrekin alderatuta (1. taula osagarria); hau oso garrantzitsua da, batez ere birusaren transmisioaren dinamika kontuan hartuta. Goiko datuek ere detekzio-tasa baxu hau babesten dute15.
Ikerketa honetan, Ct balioak analisi bakoitzerako eta dagokion plataformarako zehaztu ziren, eta Abbott SARS-CoV-2 analisian jakinarazi zen batez besteko Ct balio baxuena. Emaitza hau Abbott-en SARS-CoV-2 detektatzeko aldibereko proba genetiko konbinatuen sistemarekin erlazionatuta egon daiteke. Beraz, 1. irudiaren arabera, Abbott SARS-CoV-2 emaitzen % 87,6k 20tik beherako Ct balioak izan zituzten. Lagin-emaitza kopuru txiki bat (% 12,4) baino ez zegoen 20-30 tartean. 30etik gorako Ct balioak ez ziren erregistratu. Abbott-ek SARS-CoV-2 panel proba genetikoen formatua erabiltzeaz gain, emaitza hau detekzio-muga baxuagoarekin (32,5 RNA kopia/ml)18 erlazionatuta egon daiteke, hau da, konpainiaren 100 RNA kopia/ml-ko (ml)19 muga baxuagoarekin.
Ikerketa honek muga batzuk ditu: lehenik eta behin, ez ditugu metodo estandar/erreferentziazkoak [birus-karga edo beste laborategiko probak (LDA) bezalakoak] baliabide faltagatik. Bigarrenik, ikerketa honetan erabilitako lagin guztiak nasofaringeoko frotisak izan ziren, emaitzak ez ziren beste lagin motetarako aplikagarriak izan, eta hirugarrenik, gure laginaren tamaina txikia zen.
Ikerketa honek SARS-CoV-2rako lau rRT-PCR analisiren errendimendua alderatu zuen nasofaringeko laginak erabiliz. Detekzio-analisi guztiek ia antzeko errendimendua izan zuten, Sansure Biotech analisia izan ezik. Gainera, Sansure Biotech analisiak positibotasun-tasa baxua identifikatu zuen CRS analisiarekin alderatuta (p < 0,05). Gainera, Sansure Biotech analisiak positibotasun-tasa baxua identifikatu zuen CRS analisiarekin alderatuta (p < 0,05). Кроме того, в тесте Sansure Biotech был выявлен низкий процент положительных результатов по срав нс,0,5 (CRS, 5). Gainera, Sansure Biotech probak emaitza positiboen ehuneko baxua erakutsi zuen CRSrekin alderatuta (p < 0,05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0,05)。此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0,05)。 Кроме того, анализ Sansure Biotech имел более низкий уровень положительных результатов по срав не, CRS5 (CRS,5ь). Gainera, Sansure Biotech analisiak positibotasun-tasa txikiagoa izan zuen CRSrekin alderatuta (p < 0,05).Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO) PPA, NPA eta adostasun orokorraren analisiak % 93,5 gainditu zuen, 0,925eko Cohen Kappa indarraren adostasun-balioarekin. Azkenik, Sansure Biotech Assay (RUO) saiakerak balidazio gehiago behar du Etiopian erabiltzeko, eta ikerketa gehiago kontuan hartu beharko lirateke fabrikatzaile bakoitzaren baieztapenak ebaluatzeko.
Konparaziozko ikerketaren diseinua Addis Abebako lau osasun-zentrotan egin zen: Eka Kotebe Ospitalean, Millennium Church Tratamendu Zentroan, Zewooditu Memorial Ospitalean eta St. Peter's Tuberkulosi Espezialisten Ospitalean. Datuak 2020ko abenduaren 1etik 31ra bitartean bildu ziren. Ikerketa honetarako instalazio medikoak nahita aukeratu ziren, kasu kopuru handia eta hiriko tratamendu-zentro nagusien eskuragarritasuna kontuan hartuta. Era berean, tresnak, besteak beste, ABI 7500 eta Abbott m2000 denbora errealeko PCR tresnak, NAAT erreaktiboen fabrikatzaileen gomendioen arabera hautatu ziren, eta lau PCR detekzio-kit hautatu ziren ikerketa honetarako, Etiopiako laborategi gehienek gutxienez lau erabiltzen baitzituzten. Geneen proba, Abbott SARS-CoV-2 proba, Sansure Biotech proba eta ikerketan zehar egindako SARS-CoV-2 BGI proba).
SARS-CoV-2 probak 2020ko abenduaren 1etik 30era egin ziren, COVID-19aren ikerketapean zeuden pertsonen 3 ml Viral Transport Medium (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, Txina) erabiliz, EPHIra bidalitakoak. Nasofaringeoko laginak lagin-biltzaile trebatuek bildu eta EPHIra bidali zituzten hirukoitz paketeetan. Azido nukleikoak isolatu aurretik, lagin bakoitzari identifikazio-zenbaki bakarra esleitzen zaio. Lagin bakoitzetik ateratzea egiten da iristen bezain laster, eskuzko eta erauzketa-metodo automatikoak erabiliz. Horrela, Abbott m2000 automatikoki ateratzeko, lagin bakoitzetik 1,3 ml (0,8 ml bolumen hila eta 0,5 ml erauzketa-sarrera-bolumena barne) atera ziren eta Abbott DNA Laginak Prestatzeko Sistematik (Abbott Molecular Inc. des Plaines, IL, AEB) pasa ziren. ) 96ko multzo bat [92 lagin, bi detekzio-kontrol eta bi txantiloi gabeko kontrol (NTC)] sartu zen SARS-CoV-2 (EUA) denbora errealeko bi txandetako prozesu orokorrean (berreskuratzea eta detekzioa). meatzaritza. Era berean, eskuzko erauzketarako, erabili lagin berdinak (erauzketa eta aurkikuntza automatikorako). Horrela, prozesu osoan zehar, 140 µl-ko laginak zatitu eta erauzi ziren QIAamp Viral RNA Mini Kit (QIAGEN GmbH, Hilden, Alemania) erabiliz, 24ko multzotan (20 lagin, bi analisi-kontrol eta bi NTC barne) bederatzi txandatan zehar. Eskuz erauzitako eluatua anplifikatu eta detektatu zen ABI 7500 ziklatzaile termiko bat erabiliz, SARS-CoV-2 BGI analisia, Daan Gene analisia eta Sansure Biotech analisia erabiliz.
SARS-CoV-2 birusaren RNAren isolamendu eta purifikazio automatizatuak ale magnetikoen printzipioa jarraitzen du, Abbott DNA laginen prestaketa erreaktiboak erabiliz. Laginen inaktibazioa eta birus partikulen disolbagarritasuna guanidina isotiozianatoa duen detergente bat erabiliz egiten da, proteina desnaturalizatzeko eta RNasa inaktibatzeko. Ondoren, RNA proteinatik bereizten da fase solidoen bereizketaren bidez, silizea erabiliz, hau da, guanidinio gatzak eta lisi bufferraren pH alkalinoak azido nukleikoen silizeari (SiO2) lotzea sustatzen dute. Garbiketa urratsak gainerako proteinak eta hondakinak kentzen ditu soluzio garden bat sortzeko. RNA gardena silizean oinarritutako mikropartikuletatik isolatzen da tresnaren eremu magnetikoa erabiliz20,21. Bestalde, RNAren eskuzko isolamendua eta purifikazioa biraketa-zutabearen metodoaren bidez egiten da, euskarri magnetiko baten ordez zentrifugazioa erabiliz eta mikropartikulak eluentetik bereiziz.
Abbott denbora errealeko SARS-CoV-2 detekzio-proba (Abbott Molecular, Inc.) fabrikatzailearen argibideen arabera egin zen, eta OMEren eta FDAren EUA19,22 jaso zuen. Protokolo honetan, laginaren inaktibazioa erauzketa aurretik 56 °C-tan ur-bainu batean egin zen 30 minutuz. Birusa inaktibatu ondoren, azido nukleikoaren erauzketa Abbott m2000 SP tresna batean egin zen 0,5 ml VTM-tik, Abbott m2000 DNA laginak prestatzeko sistema bat erabiliz. fabrikatzailearen arabera. Anplifikazioa eta detekzioa Abbott m2000 RT-PCR tresna bat erabiliz egin ziren, eta detekzio bikoitza egin zen RdRp eta N geneentzat. ROX) eta VIC P (koloratzaile jabeduna) barne-kontrolak zuzendu eta detektatzeko, bi anplifikazio-produktuak aldi berean detektatzeko aukera emanez 19.
Kit honen anplifikazio detekzio metodoa urrats bakarreko RT-PCR teknologian oinarritzen da. Daan Gene Technology-k ORF1a/b eta N geneak eskualde kontserbatu gisa hautatu zituen helburuko eskualdeen anplifikazioa detektatzeko. Primer espezifikoak eta zunda fluoreszenteak (FAM-ekin markatutako N gene zundak, VIC-ekin markatutako ORF1a/b zundak) diseinatu dira laginetan SARS-CoV-2 RNA detektatzeko. Azken eluentea eta master nahasketak 5 µl eluente gehituz prestatu ziren master nahasketaren 20 µl-ri, 25 µl-ko azken bolumenera iritsi arte. Anplifikazioa eta detekzioa aldi berean egin ziren ABI 750024 denbora errealeko PCR tresna batean.
ORF1a/b eta N geneak Sansure Biotech nCoV-2019 Nucleic Acid Diagnostic Kit (PCR fluoreszente bidezko detekzioa) erabiliz detektatu ziren. Prestatu gene bakoitzerako zunda espezifikoak, ORF1a/b eskualderako FAM kanala eta N generako ROX kanala hautatuz. Saiakuntza-kit honi, eluentea eta nahasketa nagusiko erreaktiboak gehitzen zaizkio honela: prestatu 30 µl nahasketa nagusiko erreaktiboa eta 20 µl lagin eluitu detekziorako/anplifikaziorako. Denbora errealeko PCR ABI 750025 erabili zen anplifikaziorako/detekziorako.
SARS-CoV-2 BGI testa COVID-19 diagnostikatzeko denbora errealeko rRT-PCR kit fluoreszente bat da. Helburu eskualdea SARS-CoV-2 genomaren ORF1a/b eskualdean dago, eta hau da, gene bakarreko detekzio metodo bat. Gainera, gizakien etxeko β-aktina genea barne-erregulatutako helburu gene bat da. Nahasketa nagusia nahasketa nagusiaren erreaktiboaren 20 µl eta ateratako RNA laginaren 10 µl putzu-plaka batean nahastuz prestatzen da26. ABI 7500 PCR denbora errealeko PCR kuantitatibo fluoreszente tresna bat erabili zen anplifikaziorako eta detekziorako. Azido nukleikoen anplifikazio guztiak, analisi bakoitzerako PCR exekuzio baldintzak eta emaitzen interpretazioa dagokion fabrikatzailearen argibideen arabera egin ziren (3. taula).
Konparazio-analisi honetan, ez dugu erreferentziazko estandar metodoa erabili lau analisietarako ehuneko adostasuna (positiboa, negatiboa eta orokorra) eta beste konparazio-parametro batzuk zehazteko. Proba bakoitza konparatzeko EEErekin egin da, ikerketa honetan EEE "edozein positibo" arauaren arabera ezarri da eta emaitza ez da proba bakar baten bidez zehaztu, gutxienez bi proba-emaitza parekatu erabili ditugu. Gainera, COVID-19 transmisioaren kasuan, emaitza faltsu negatibo arriskutsuagoak dira emaitza faltsu positiboak baino. Beraz, EEE emaitza batetik ahalik eta zehatzen "positibo" esateko, gutxienez bi analisi-proba positiboak izan behar dira, hau da, gutxienez emaitza positibo bat EUA analisi batetik etor daitekeela. Horrela, lau proba-emaitzetatik, emaitza bera ematen duten bi edo gehiago benetako positibo edo negatibotzat hartzen dira18,27.
Datuak datu-ateratze egituratutako formularioak erabiliz bildu ziren, datuen sarrera eta analisia Excel software estatistikoa eta SPSS 23.0 bertsioa erabiliz egin ziren estatistika deskriptiboetarako. Ehuneko adostasun positiboa, negatiboa eta orokorra aztertu ziren, eta Kappa puntuazio bat erabili zen metodo bakoitzaren eta CRSren arteko adostasun maila zehazteko. Kappa balioak honela interpretatzen dira: 0,01etik 0,20ra adostasun arina lortzeko, 0,21etik 0,40ra adostasun orokorra lortzeko, 0,41-0,60ra adostasun moderatua lortzeko, 0,61-0,80ra adostasun handia lortzeko eta 0,81-0,99ra adostasun osoa lortzeko28.
Addis Abebako Unibertsitateak baimen etikoa lortu zuen eta ikerketa honetarako protokolo esperimental guztiak Etiopiako Osasun Publikoko Institutuaren Etika Zientifikorako Berrikuspen Batzordeak onartu zituen. EPHIren Etika Lizentziaren erreferentzia zenbakia EPHI/IRB-279-2020 da. Metodo guztiak COVID-19aren Tratamendurako Etiopiako Gida Nazionalen gomendio eta xedapenen arabera aplikatu ziren. Gainera, ikerketan parte hartu aurretik, ikerketako parte-hartzaile guztien idatzizko baimen informatua lortu zen.
Ikerketa honetan lortu edo aztertutako datu guztiak argitaratutako artikulu honetan sartuta daude. Ikerketa honen emaitzak babesten dituzten datuak egilearengandik eskura daitezke arrazoizko eskaera eginez gero.
Osasunaren Mundu Erakundea. COVID-19rako laborategiko proben estrategietarako gomendioak: Behin-behineko gida, 2020ko martxoaren 21a. OME/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 zk. (OME, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. eta Gourgoulianis, KI COVID-19aren diagnostiko adimenduna Larrialdi Zerbitzuan: Praktikan dena. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. eta Gourgoulianis, KI COVID-19aren diagnostiko adimenduna Larrialdi Zerbitzuan: Praktikan dena.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. eta Gurgulianis, KI COVID-19aren diagnostiko adimentsua larrialdi zerbitzuetan: dena praktikan.Muliou DS, Pantazopoulos I. eta Gurgulyanis KI COVID-19aren diagnostiko adimentsua larrialdi zerbitzuetan: muturretik muturrerako integrazioa praktikan. Respire aditua. medicine. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL eta St George, K. COVID19 ID NOW EUA azterketaren ebaluazioa. Mitchell, SL eta St George, K. COVID19 ID NOW EUA azterketaren ebaluazioa.Mitchell, SL eta St. George, K. COVID19 ID NOW EUA azterketaren ebaluazioa.Mitchell SL eta St. George K. COVID19 ID NOW EUA analisiaren ebaluazioa. J. Clinical. Virus. 128, 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
OME. 2019ko koronabirus gaixotasunaren (COVID-19) laborategiko detekzioa gizakien gaixotasun susmagarrietan. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (2020ko abuztuaren 15ean kontsultatua) (OME, 2020).
Udugama, B. et al. COVID-19aren diagnostikoa: gaixotasunak eta probak egiteko tresnak. ACS Nano 14(4), 3822–3835 (2020).
Syed S. et al. Ekialdeko, Erdialdeko eta Hegoaldeko Afrikako Patologoen Elkargoaren sorrera – Ekialde Hurbileko eta Hegoafrikako Patologia Eskualdeko Eskola. Afrika. J. Lab. medicine. 9(1), 1-8 (2020).
Etiopiako Osasun Publikoko Institutua, Osasun Ministerio Federala. COVID-19aren Laborategiko Diagnostikorako Behin-behineko Estrategia eta Gida Nazionala. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (2020ko abuztuaren 12an kontsultatua) (EPHI, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. eta Kesselheim, AS SARS-CoV-2 infekzioaren erronkak eta ondorioak diren proba faltsu negatiboak. Woloshin, S., Patel, N. eta Kesselheim, AS SARS-CoV-2 infekzioaren erronkak eta ondorioak diren proba faltsu negatiboak.Voloshin S., Patel N. eta Kesselheim AS SARS-CoV-2 infekzioen proba faltsu negatiboak eta haien ondorioak.Voloshin S., Patel N. eta Kesselheim AS SARS-CoV-2 infekzioaren probokaziorako eta eraginari buruzko emaitza faltsu negatiboen probak. N. eng. J. Medicine. 383(6), e38 (2020).
Mouliou, DS eta Gourgoulianis, KI COVID-19 kasu faltsu positibo eta faltsu negatibo: arnasketa prebentzio eta kudeaketa estrategiak, txertaketa eta ikuspegi gehiago. Mouliou, DS eta Gourgoulianis, KI COVID-19 kasu faltsu positibo eta faltsu negatibo: arnasketa prebentzio eta kudeaketa estrategiak, txertaketa eta ikuspegi gehiago. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI. лечения, вакцинация и дальнейшие перспективы. Mouliou, DS eta Gourgoulianis, KI COVID-19aren kasu faltsu positibo eta faltsu negatibo: arnasketa prebentzio eta tratamendu estrategiak, txertaketa eta aurrera egiteko bidea.Muliu, DS eta Gurgulianis, KI COVID-19aren kasu faltsu positibo eta faltsu negatibo: arnasketa prebentzio eta tratamendurako estrategiak, txertaketa eta aurrera egiteko bidea. Respire aditua. medicine. 15(8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. eta Konstantinos, G. COVID-19aren diagnostikoa larrialdi zerbitzuetan: Zuhaitza ikustea baina basoa galtzea. Mouliou, DS, Ioannis, P. eta Konstantinos, G. COVID-19aren diagnostikoa larrialdi zerbitzuetan: Zuhaitza ikustea baina basoa galtzea.Mouliou, DS, Ioannis, P. eta Konstantinos, G. COVID-19aren diagnostikoa Larrialdi Zerbitzuan: Ikusi Zuhaitza, Galdu Basoa.Muliou DS, Ioannis P., eta Konstantinos G. COVID-19aren diagnostikoa larrialdi-geletan: ez dago baso nahikorik zuhaitzentzat. Appear. medicine. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. et al. Abbott RealTime SARS-CoV-2 analisiaren errendimendu analitiko eta klinikoaren balidazioa eta baliozkotzea. J. Clinical. Virus. 129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. eta Aflatoonian, B. COVID-19aren genoma-eskualde desberdinetako bost primer multzoren konparaketa RT-PCR konbentzionalaren bidez birusaren infekzioa detektatzeko. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. eta Aflatoonian, B. COVID-19aren genoma-eskualde desberdinetako bost primer multzoren konparaketa, RT-PCR konbentzionalaren bidez birusaren infekzioa detektatzeko.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. eta Aflatunyan, B. COVID-19 genomaren eskualde ezberdinetako bost primer multzoren konparaketa, RT-PCR konbentzionalaren bidez birus infekzioa detektatzeko. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自COVID-19不同基因组区域的五个引物组，用于通过常规RT-PCR 检测病毒感染。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. eta Aflatoonian, B. COVID-19aren 5 eskualde genetiko desberdinen konparaketa RT-PCR konbentzionalaren bidez birus-infekzioa detektatzeko.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. eta Aflatunyan B. COVID-19 genomaren eskualde ezberdinetako bost primer multzoren konparaketa RT-PCR konbentzionalaren bidez birus infekzioa detektatzeko.Iran. J. Mikrobiologia. 12(3), 185 (2020).
Goertzer, I. et al. SARS-CoV-2 genomaren sekuentziak detektatzeko kanpoko kalitate-ebaluazio nazionalaren aurretiazko emaitzak. J. Clinical. Virus. 129, 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. et al. Bost RT-PCR kiten eraginkortasunaren ebaluazio analitikoa arnas sindrome akutu larrirako koronabirus 2. J. Clinical. laboratory. anus. 35(1), e23643 (2021).
Wang B. et al. Txinan merkatuan eskuragarri dauden zazpi SARS-CoV-2 RNA detekzio-kit-en ebaluazioa, denbora errealeko polimerasa-kate-erreakzioan (PCR) oinarrituta. klinikoa. kimikoa. laborategia. medikuntza. 58(9), e149–e153 (2020).
van Casteren, PB et al. Zazpi RT-PCR COVID-19 diagnostiko kit komertzialen konparaketa. J. Clinical. Virus. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu, et al. SARS-CoV-2 azido nukleikoak detektatzeko bi PCR kit-en errendimendu diagnostikoaren konparaketa. J. Clinical. laboratory. anus. 34(10), e23554 (2020).
Lefart, PR, etab. SARS-CoV-2 azido nukleikoen anplifikazio probak egiteko (NAAT) lau plataformaren azterketa konparatibo batek erakutsi zuen ID NOW-ren errendimendua nabarmen hondatzen zela pazientearen eta lagin motaren arabera. diagnostikoa. mikrobiologia. Infect. diss. 99(1), 115200 (2021).
Abbott molekula. Abbott-en denbora errealeko SARS-CoV-2 analisi-prospektua. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay. 1-12. (2020ko abuztuaren 10etik aurrera) (2020).
Klein, S. et al. SARS-CoV-2 RNAren isolamendua ale magnetikoak erabiliz RT-qPCR eta RT-LAMP bidezko detekzio azkarrerako. Virus 12(8), 863 (2020).