Etiopian SARS-CoV-2 identifikatzeko lau azido nukleikoen anplifikazio saiakuntzak egitea

Eskerrik asko Nature.com bisitatzeagatik. CSS laguntza mugatua duen arakatzailearen bertsioa erabiltzen ari zara. Esperientzia onena lortzeko, eguneratutako arakatzailea erabiltzea gomendatzen dugu (edo Internet Explorer-en bateragarritasun modua desgaitzea). Horrez gain, etengabeko laguntza bermatzeko, gunea estilorik eta JavaScript gabe erakusten dugu.
Hiru diapositibako karrusel bat bistaratzen du aldi berean. Erabili Aurrekoa eta Hurrengoa botoiak aldi berean hiru diapositibatik mugitzeko, edo erabili amaierako graduatzaile-botoiak hiru diapositibatik aldi berean mugitzeko.
2019ko koronavirus gaixotasuna (COVID-19) lehertu zenetik, azido nukleikoen anplifikazio proba (NAAT) komertzial asko garatu dira mundu osoan eta saiakuntza estandar bihurtu dira. Hainbat proba azkar garatu eta laborategiko diagnostiko-probetarako aplikatu ziren arren, proba horien errendimendua ez da hainbat ezarpenetan ebaluatu. Hori dela eta, ikerketa honek Abbott SARS-CoV-2, Daan Gene, BGI eta Sansure Biotech entseguen errendimendua ebaluatzea zuen helburu, Composite Reference Standard (CRS) erabiliz. Azterketa Etiopiako Osasun Publikoko Institutuan (EPHI) egin zen 2020ko abenduaren 1etik 30era. 164 nasofaringe lagin atera ziren QIAamp RNA mini kitarekin eta Abbott DNA laginak prestatzeko sistema erabiliz. 164 aleetatik % 59,1 positiboak izan ziren eta % 40,9 negatiboak CRSrako. Sansure Biotech positibotasuna nabarmen baxua izan zen CRSarekin alderatuta (p < 0,05). Sansure Biotech positibotasuna nabarmen baxua izan zen CRSarekin alderatuta (p < 0,05). Положительные результаты Sansure Biotech были значительно ниже по сравнению с CRS (p < 0,05). Sansure Biotech-en emaitza positiboak nabarmen txikiagoak izan ziren CRSrekin alderatuta (p < 0,05).与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0,05）。与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0,05）。 У Sansure Biotech было значительно меньше положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Sansure Biotech-ek emaitza positibo gutxiago izan zituen CRSrekin alderatuta (p < 0,05).Lau analisien adostasun orokorra %96,3-100ekoa izan da CRSrekin alderatuta. Sansure Biotech entseguaren positibotasun-tasa baxuaz gain, lau saiaketen errendimendua ia parekoa izan zen. Horrenbestez, Sansure Biotech [Research Only (RUO)] saiakerak baliozkotze gehigarria behar du Etiopian erabiltzeko. Azkenik, ikerketa osagarriak kontuan hartu behar dira fabrikatzaileen erreklamazio egokiekin entseguak ebaluatzeko.
Laborategiko probak Osasunaren Mundu Erakundearen (OME) Coronavirus Gaixotasunerako 2019rako (COVID-19) Prestakuntza eta Erantzuteko (SPRP) Plan Estrategikoaren parte dira. OMEk aholkatzen du herrialdeek laborategi-gaitasuna eraiki behar dutela prestaketa, kasuen kudeaketa egokia, zaintza eta osasun publikoaren erronkei erantzun azkarra hobetzeko. Horrek iradokitzen du laborategiaren eginkizuna funtsezkoa dela sortzen ari diren agente infekziosoen gaixotasuna eta epidemiologia ezaugarritzeko eta haien hedapena kontrolatzeko.
COVID-19aren diagnostikoak informazio epidemiologikoa eta medikoa, sintoma/seinale pertsonalak eta datu erradiografikoak eta laborategikoak behar ditu2. Wuhan-en (Txina) COVID-19 agerraldia jakinarazi zenetik, mundu osoan azido nukleikoen anplifikazio proba (NAAT) komertzial asko garatu dira. Denbora errealeko alderantzizko transkripzio polimerasaren kate-erreakzioa (rRT-PCR) metodo arrunt eta estandar gisa erabili da 2 (SARS-CoV-2)3 infekzio larriaren arnas sindrome akutua diagnostikatzeko. SARS-CoV-2-ren detekzio molekularra normalean ORF1a/b-n (irakurketa marko irekia 1a/b) geneetan oinarritzen da N (nukleokapsidaren genea), E (proteinaren inguratzailearen genea) eta RdRp (RNAren menpeko RNA polimerasa genea). genea) genoma birikotik identifikatutako eskualdea. Birusak ezagutzeko genometan aurkitzen diren kontserbatutako eskualde nagusitzat hartzen dira4. Gene horien artean, RdRp eta E geneek detekzio analitikoko sentikortasun handia dute, eta N geneak, berriz, sentsibilitate analitiko baxua5.
PCR entseguen errendimendua alda daiteke hainbat faktoreren arabera: erauzketa-erreaktiboak, anplifikazio/detektatzeko erreaktiboak, erauzketa-metodoa, PCR makinaren kalitatea eta beste tresna batzuk. 2020ko apirilean, bederatzi herrialdetako 48 diagnostiko-gailu ezberdin baino gehiagok jaso dute COVID-196 diagnostikorako Larrialdietarako Erabilera Baimena (EUA). Etiopian, denbora errealeko 14 PCR plataforma baino gehiago erabiltzen dira SARS-CoV-2 PCR detektatzeko 26 osasun publikoko erakundetan, besteak beste, ABI 7500, Abbott m2000, Roche 48000 eta Quant-studio7. Horrez gain, hainbat PCR proba-kit eskuragarri daude, hala nola, Daan Gene proba, Abbott SARS-CoV-2 proba, Sansure Biotech proba eta SARS-CoV-2 BGI proba. rRT-PCR oso sentikorra den arren, COVID-19 duten paziente batzuek emaitza negatibo faltsuak ematen dituzte laginetan azido erribonukleiko birikoaren (ARN) kopia nahikorik ez dutelako, bilketa, garraio, biltegiratze eta manipulazio desegokiengatik eta laborategiko probak direla eta. langileen baldintzak eta ekintzak8. Horrez gain, laginaren edo kontrolaren manipulazio okerrak, zikloaren atalasearen (Ct) ezarpenak eta beste azido nukleiko patogeno batzuekin edo SARS-CoV-2 RNA inaktibo/hondarrekiko erreaktibotasun gurutzatuak emaitza positibo faltsuak ekar ditzakete rRT-PCR9 entseguetan. Beraz, argi dago PCR probek gene zatien eramaileak identifika ditzaketela, ezin baitituzte bereizi ere benetan gene biral aktiboak, beraz, probek eramaileak identifikatu ditzakete soilik eta ez gaixoak10. Hori dela eta, garrantzitsua da diagnostiko-errendimendua ebaluatzea gure ingurunean metodo estandarrak erabiliz. NAAT erreaktibo asko Etiopiako Osasun Publikoaren Institutuan (EPHI) eta herrialde osoan eskuragarri dauden arren, oraindik ez da haien eraginkortasunaren ebaluazio konparatiborik jakinarazi. Hori dela eta, ikerketa honek rRT-PCR bidez SARS-CoV-2 detektatzeko komertzialki eskuragarri dauden kiten errendimendu konparatiboa ebaluatzea du helburu, ale klinikoak erabiliz.
Guztira, COVID-19 susmagarria duten 164 parte-hartzaile sartu ziren ikerketa honetan. Lagin gehienak tratamendu zentroetakoak ziren (118/164 = % 72), gainontzeko 46 (% 28) parte-hartzaileak tratamendurik gabeko zentroetakoak ziren. Zentroan artatu ez diren parte-hartzaileen artean, 15ek (%9,1) klinikoki susmatutako kasuak izan zituzten eta 31ek (%18,9) baieztatutako kasuen kontaktuak izan zituzten. Laurogeita hamahiru (%56,7) parte-hartzaileak gizonezkoak ziren, eta parte-hartzaileen batez besteko (± SD) adina 31,10 (± 11,82) urtekoa izan zen.
Ikerketa honetan, COVID-19rako lau proben positibo eta negatibo tasak zehaztu ziren. Horrela, Abbott SARS-CoV-2 saiakeraren, Daan Gene 2019-nCoV saiakeraren, SARS-CoV-2 BGI saiakeraren eta Sansure Biotech 2019-nCoV saiaketaren tasa positiboak % 59,1, % 58,5, % 57,9 eta % 55,5 izan ziren hurrenez hurren. Erreferentzia estandar konposatuen (CRS) puntuazio positiboak eta negatiboak 97 (%59,1) eta 67 (%40,9) izan ziren, hurrenez hurren (1. taula). Ikerketa honetan, CRS-ren definizioa "edozein positibo" arauan oinarritzen zen, non lau probetako emaitzetatik, emaitza bera ematen zuten bi proba-emaitza edo gehiago egiazko positibo edo negatibotzat hartzen ziren.
Ikerketa honetan, %100eko (95% CI 94,6-100) adostasun negatiboa (NPA) aurkitu dugu analisi guztietan CRSrekin alderatuta. Sansure Biotechnology azterketak % 93,8ko PPA minimoa erakutsi zuen (% 95 CI 87,2-97,1) eta Daan Gene 2019-nCoV analisiak % 99,4ko adostasun orokorra izan zuen (% 95 CI 96,6-99,9). Aitzitik, SARS-CoV-2 BGI entseguaren eta Sansure Biotech 2019-nCoV entseguaren arteko adostasun orokorra % 98,8 eta % 96,3 izan zen, hurrenez hurren (2. taula).
Cohen-en kappa koefizientea CRS eta Abbott SARS-CoV-2 saiaketaren emaitzen arteko adostasun-koefizientea guztiz koherentea zen (K = 1.00). Era berean, Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI eta Sansure Biotech 2019-nCoV-ek atzemandako Cohen-en kappa balioak ere guztiz bat datoz CRSarekin (K ≥ 0,925). Analisi konparatibo honetan, chi-karratuaren probak (McNemar proba) erakutsi zuen Sansure Biotech 2019-nCoV saiaketaren emaitzak CRS emaitzetatik (p = 0.031) nabarmen desberdinak zirela (2. taula).
Irudian ikusten den bezala.1 Abbott SARS-CoV-2 entseguaren Ct balio txikienaren (< 20 Ct) portzentajea (RdRp eta N gene konbinatuta) % 87,6 izan zen eta Sansure Biotech 2019-nCoV entseguaren ORF1a/b genearen Ct balioa Ct balio baxuaren portzentajea (< 20 Ct3 % eta Ct) altua zela erakutsi zuen. (36-40 Ct) %3,2koa izan zen. 1 Abbott SARS-CoV-2 entseguaren Ct balio txikienaren (< 20 Ct) portzentajea (RdRp eta N gene konbinatuta) % 87,6 izan zen eta Sansure Biotech 2019-nCoV entseguaren ORF1a/b genearen Ct balioa Ct balio baxuaren portzentajea (< 20 Ct3 % eta Ct) altua zela erakutsi zuen. (36-40 Ct) %3,2koa izan zen.Irudian ikusten den bezala.1, процент наименьшего значения Ct (< 20 Ct) анализа Abbott SARS-CoV-2 (комбинированный ген RdRp и N, %6си, 8 тав и N) значение Ct гена ORF1a/b анализа Sansure Biotech 2019-nCoV показало что процент низкого значения Ct (< 2019-nCoV показало что процент низкого значения Ct (<% 20, сло5) а высокое значение Ct (36–40 Ct) составляло % 3,2. 1, Abbott SARS-CoV-2 (gene konbinatuak RdRp eta N) analisiaren Ct balio txikienaren (< 20 Ct) analisiaren ehunekoa % 87,6 izan zen, eta Sansure Biotech 2019-nCoV-ren ORF1a/b genearen analisiaren Ct balioa Ct balio baxuaren portzentajea (Ct 5 ) eta Ct balio baxuaren (% 20) % 20 (Ct) balio baxuaren %20 balio zuela erakutsi zuen. (36-40 Ct) %3,2 izan ziren.如图1 所示，Abbott SARS-CoV-2 检测（结合RdRp 和N 基因）的最低Ct 值百分比（< 20% Biotech，Sansur. 2019-nCoV 检测的ORF1a/b 基因Ct 值显示低Ct 值(< 20 Ct) 的百分比为%50,3，高Ct 值(36)–40 Ct的百分比为%3,2. 1. Irudian erakusten den bezala, Abbott SARS-CoV-2 probaren Ct balio-ehuneko txikiena (< 20 Ct) (RdRp eta N genearen konbinazioa) % 87,6 da, Sansure Biotech 2019-nCoV probaren ORF1a/b genearen Ct balioak Ct值 baxua erakusten du (<% 20 Ct) % 50.高Ct 值(36–40 Ct) 的 ehunekoa %3,2 da. Как показано на рисунке 1, анализ Abbott SARS-CoV-2 (сочетающий гены RdRp и N) имел самое низкое нтрое нтрое Ct (< 20 Ct) в размере 87,6%, а значение Ct гена ORF1a/b в исследовании Sansure Biotech 2019- Анализ nCoV покатззкай Ct. 1. Irudian erakusten den bezala, Abbott SARS-CoV-2 saiakerak (RdRp eta N geneak konbinatuz) Ct balio portzentajerik txikiena (< 20 Ct) izan zuen % 87,6an, eta ORF1a/b genearen Ct balioa Sansure Biotech 2019 ikerketan - nCoVren analisiak Ct baxua erakutsi zuen. Процент значений (< 20 Ct) составил % 50,3, а процент высоких значений Ct (36–40 Ct) составил % 2,2. Balioen ehunekoa (< 20 Ct) % 50,3 izan zen eta Ct balio altuen ehunekoa (36-40 Ct) % 3,2koa.Abbott SARS-CoV-2 B probak 30etik gorako Ct balioak erregistratu zituen. Bestalde, BGI SARS-CoV-2 saiakeran ORF1a/b geneak Ct balio handia zuen (> 36 Ct) ehunekoa % 4 zen (1. irudia). Bestalde, BGI SARS-CoV-2 saiakeran ORF1a/b geneak Ct balio handia zuen (> 36 Ct) ehunekoa % 4 zen (1. irudia). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a/b имел высокое значение Ct (> 36 Ct), процент ков 4% котлсонт (er. 1). Bestalde, BGI SARS-CoV-2 genearen analisian ORF1a/b geneak Ct balio handia izan zuen (> 36 Ct), ehunekoa % 4koa zen (1. irudia).另一方面，在BGI SARS-CoV-2 检测中，ORF1a/b 基因具有高Ct 值（> 36 Ct）的百分比一分比一㸀比（4% Bestalde, BGI SARS-CoV-2 detekzioan, Ct balio handia duen ORF1a/b genearen ehunekoa (>36 Ct) % 4 da (1. Irudia). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 процент генов ORF1a/b с высокими значениями Ct (>36 Ct) со 4тар со. Bestalde, BGI SARS-CoV-2 analisian, Ct balio altuak dituzten ORF1a/b geneen ehunekoa (>36 Ct) % 4koa izan zen (1. irudia).
Ikerketa honetan, 164 nasofaringe lagin hartu ditugu. Mota guztietako entseguetarako, RNA isolatzea eta anplifikatzea dagokien fabrikatzaileek gomendatutako metodo eta kitekin egin da.
Azterketa honek frogatu zuen Abbotten SARS-CoV-2 probak CRSren detekzio-errendimendu bera duela, %100 positiboa, negatiboa eta adostasun orokorrarekin. Cohenen kappa akordioa 1.00 da, CRSrekin erabateko adostasuna adierazten duena. AEBetako Washingtongo Unibertsitateak egindako antzeko ikerketa batek aurkitu zuen Abbott-en SARS-CoV-2-ren aurkako probaren sentsibilitate orokorra eta espezifikotasuna % 93 eta % 100ekoa izan zela, hurrenez hurren, CDCren laborategiak zehaztutako saiakuntzarekin (LDA) alderatuta. 11. Abbott SARS-CoV-2 detektatzeko sistema N eta RdRp geneen aldibereko detekzio konbinatuan oinarritzen da, bi geneak sentikorragoak baitira, negatibo faltsuak minimizatuz12. Vienan (Austria) egindako ikerketa batek ere erakutsi zuen erauzketa-lagin-bolumen handiek eta detekzio-eluente-bolumenek diluzio-efektuak gutxitzen dituztela eta detekzio-eraginkortasuna areagotu egiten zutela13. Horrela, Abbotten SARS-CoV-2 saiakuntzarako parekatze ezin hobea gene konbinatzaileak detektatzen dituen plataforma detektatzeko sistema batekin lotu daiteke, aldi berean, lagin kopuru handia (0,5 ml) erauzten duena eta eluante kopuru handia (40 µl) erabiltzen duena.
Gure emaitzek ere erakutsi zuten Daan proba genetikoaren detekzio-errendimendua CRSaren ia berdina zela. Hau bat dator Huainan-eko (Txina) Anhui Unibertsitatean egindako ikerketa14 eta fabrikatzaileak %100eko adostasun positiboaren aldarrikapenarekin. Emaitza koherenteen berri eman arren, lagin bat negatibo faltsu izan zen eluatu bera berriro probatu ondoren, baina positiboa izan zen Abbott SARS-CoV-2 eta Sansure Biotech nCoV-2019 saiaketetan. Horrek iradokitzen du emaitzetan aldakortasuna egon daitekeela entsegu mota ezberdinetan. Hala ere, Txinan15 egindako ikerketan, Daan Gene saiakeraren emaitza nabarmen ezberdina izan zen (p < 0,05) laborategiak definitutako erreferentziazko saiakuntzarekin alderatuta. Hala ere, Txinan15 egindako ikerketan, Daan Gene saiakeraren emaitza nabarmen ezberdina izan zen (p < 0,05) laborategiak definitutako erreferentziazko saiakuntzarekin alderatuta. Тем не менее, в исследовании, проведенном в Китае15, результат анализа Daan Gene значитенном в Китае15, результат анализа Daan Gene значитенном (5) их лабораторного эталонного анализа. Hala ere, Txinan egindako ikerketa batean15, Daan Gene-ren analisiaren emaitza nabarmen ezberdina izan zen (p < 0,05) laborategiko erreferentzia-analisiaren aldean.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异（p < 0,05).然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差<0,05 Однако в исследовании, проведенном в Китае15, результаты генетического теста Daan значитоp
0,05) по сравнению с его эталонным лабораторным тестом. Hala ere, Txinan egindako ikerketa batean15, Daanen proba genetikoaren emaitzak nabarmen desberdinak izan ziren (p < 0,05) bere erreferentziako laborategiko testarekin alderatuta.Desadostasun hori SARS-CoV-2 detektatzeko erreferentziako probaren sentikortasunari zor zaio, eta azterketa gehiago egitea garrantzitsuak izan daitezke kausa zehazteko.
Horrez gain, gure ikerketak SARS-CoV-2 BGI saiakuntzaren CRS-ekin izandako errendimendu konparatiboa ebaluatu du, ehuneko adostasun positibo bikaina (PPA = % 97,9), ehuneko adostasun negatiboa (NPA = % 100) eta ehuneko adostasun orokorra generoaren arabera (OPA) erakutsiz. ). = %98,8). Cohen-en Kappa balioek adostasun ona erakutsi zuten (K = 0,975). Herbehereetan16 eta Txinan15 egindako ikerketek emaitza koherenteak erakutsi dituzte. SARS-CoV-2 BGI proba gene bakarreko (ORF1a/b) detektatzeko proba bat da, 10 µl anplifikazio/detekzio eluatea erabiliz. Gure erreferentziako emaitzekin adostasun estatistiko ona izan arren, analisiak lagin osoaren bi lagin positibo galdu ditu (% 1,22). Horrek inplikazio kliniko handiak izan ditzake transmisio-dinamiketan gaixoaren zein komunitatearen mailan.
Ikerketa honetan sartutako beste analisi konparatibo bat Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO) saiakera izan zen; partidaren ehuneko orokorra %96,3koa izan zen. Akordioaren indarra Cohen-en Kappa balioak ere zehaztu zuen, hau da, 0,925 zen, CRSrekin erabateko adostasuna adieraziz. Berriz ere, gure emaitzak Changshako (Txina) Central South Unibertsitatean eta Liuzhou Herriaren Ospitaleko laborategi klinikoan, Liuzhou City, Txinan, egindako ikerketen berdinak dira17. Goiko koherentzia estatistiko ona erregistratu bazen ere, chi-karratuaren probak (MacNemar proba) erakutsi zuen Sansure Biotech saiakeraren emaitzak estatistikoki diferentzia esanguratsua izan duela CRSarekin alderatuta (p < 0,005). Goiko koherentzia estatistiko ona erregistratu bazen ere, chi-karratuaren probak (MacNemar proba) erakutsi zuen Sansure Biotech saiakeraren emaitzak estatistikoki diferentzia esanguratsua izan duela CRSarekin alderatuta (p < 0,005). Несмотря на то, что было зафиксировано указанное выше хорошее статистическое сототировано выше хорошее статистическое сототеровано хи-квадрат (критерий Макнемара) показал, что результат анализа Sansure Biotech имеет статистически злески злески залески по сравнению с CRS (p < 0,005). Goiko adostasun estatistiko ona erregistratu bazen ere, chi-karratuaren probak (McNemar proba) erakutsi zuen Sansure Biotech entseguaren emaitzak CRSarekin alderatuta estatistikoki esanguratsua den alde bat zuela (p < 0,005).尽管记录了上述良好的统计一致性，但卡方检验（MacNemar 检验）表明，Sansure Biotech 最有有方检验相比具有统计学显着差异（p < 0,005）。尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 ， 但 检验 （（macnemar 检验 表明 ， biotech ， 检验 ，与 crs 相比 具有 显着 （（p <0,005。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。））） Несмотря на отмеченное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий хи-квадратрат) показал статистически значимую разницу (p < 0,005) между анализом Sansure Biotech eta CRS. Goian adierazitako adostasun estatistiko ona izan arren, Chi-karratuaren probak (McNemar proba) alde estatistiko esanguratsua (p < 0,005) erakutsi zuen Sansure Biotech entseguaren eta CRSaren artean.Sei lagin (% 3,66) negatibo faltsuak izan ziren CRSrekin alderatuta (1. taula osagarria); hori oso garrantzitsua da, batez ere birusaren transmisio dinamika ikusita. Goiko datuek detekzio-tasa baxu hori ere onartzen dute15.
Azterketa honetan, Ct balioak zehaztu ziren entsegu bakoitzerako eta dagozkien plataformarako, Abbott SARS-CoV-2 saiakeran jakinarazitako batez besteko Ct balio baxuena. Emaitza hau SARS-CoV-2 detektatzeko Abbotten aldibereko proba genetiko konbinatuen sistemarekin lotuta egon daiteke. Hori dela eta, 1. irudiaren arabera, Abbott SARS-CoV-2 emaitzen % 87,6k 20-tik beherako Ct balioak izan zituzten. Lagin-emaitzak (% 12,4) 20-30 bitartekoak izan ziren. 30etik gorako Ct balioak ez dira erregistratu. Abbottek SARS-CoV-2 paneleko proba genetikoen formatua erabiltzeaz gain, emaitza hau detekzio-muga baxuagoarekin (32,5 RNA kopia/ml)18 erlazionatuta egon daiteke, hau da, konpainiaren 100 RNA kopia/ml baino hiru aldiz txikiagoa. ml)19.
Azterketa honek muga batzuk ditu: lehenik, ez dugu metodo estandar/erreferentziarik [adibidez, karga birikoa edo laborategiko beste proba batzuk (LDA)] baliabide faltagatik. Bigarrenik, ikerketa honetan erabilitako ale guztiak nasofaringearen laginak ziren, emaitzak ez ziren beste lagin mota batzuetarako aplikagarriak izan, eta hirugarrenik, gure laginaren tamaina txikia zen.
Azterketa honek SARS-CoV-2rako lau rRT-PCR entseguren errendimendua alderatu du nasofaringe laginak erabiliz. Detekzio-azterketa guztiek errendimendu ia konparagarria izan zuten, Sansure Biotech-en azterketa izan ezik. Gainera, positibitate-tasa baxua identifikatu zen Sansure Biotech saiakeran CRSarekin alderatuta (p < 0,05). Gainera, positibitate-tasa baxua identifikatu zen Sansure Biotech saiakeran CRSarekin alderatuta (p < 0,05). Кроме того, в тесте Sansure Biotech был выявлен низкий процент положительных результатов по срав нс,0,5 (CRS, 5). Gainera, Sansure Biotech probak emaitza positiboen ehuneko txikia erakutsi zuen CRSrekin alderatuta (p < 0,05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0,05)。此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0,05)。 Кроме того, анализ Sansure Biotech имел более низкий уровень положительных результатов по срав не, CRS5 (CRS,5ь). Gainera, Sansure Biotech entseguak positibotasun-tasa txikiagoa izan zuen CRSarekin alderatuta (p < 0,05).Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO) PPA, NPA eta akordio orokorraren azterketak % 93,5 gainditu du Cohen Kappa 0,925eko hitzarmenaren indarrarekin. Azkenik, Sansure Biotech Assay (RUO) baliozkotze gehiago behar du Etiopian erabiltzeko, eta ikerketa osagarriak kontuan hartu behar dira fabrikatzaile indibidualen erreklamazioak ebaluatzeko.
Azterketa konparatiboa Addis Abebako lau osasun-etxeetan, Eka Kotebe Ospitalean, Millennium Church Treatment Center, Zewooditu Memorial Hospital eta San Pedro Tuberkulosian Espezialisten Ospitalean egin zen. Datuak 2020ko abenduaren 1etik 31ra bitartean bildu ziren. Azterketa honetarako mediku instalazioak kasu kopuru handian eta hiriko tratamendu zentro nagusien erabilgarritasunaren arabera aukeratu ziren. Era berean, tresnak, ABI 7500 eta Abbott m2000 denbora errealeko PCR tresnak barne, NAAT erreaktiboen fabrikatzaileen gomendioen arabera hautatu ziren, eta ikerketa honetarako PCR detektatzeko lau kit aukeratu ziren, Etiopiako laborategi gehienek gutxienez horietako lau erabili baitzituzten. Gene proba, Abbott SARS-CoV-2 proba, Sansure Biotech proba eta SARS-CoV-2 BGI proba azterketan egin ziren).
SARS-CoV-2 probak 2020ko abenduaren 1etik 30era bitartean egin ziren EPHIri erreferentziatutako COVID-19rako ikertzen ari diren pertsonen 3 ml Viral Transport Medium (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, Txina) erabiliz. Nasofaringeko laginak lagin-biltzaile trebatuek jaso zituzten eta EPHIra bidali zituzten pakete hirukoitzetan. Azido nukleikoak isolatu aurretik, lagin bakoitzari identifikazio zenbaki bakarra esleitzen zaio. Erauzketa lagin bakoitzetik iristean berehala egiten da erauzketa eskuzko eta automatikoko metodoak erabiliz. Horrela, Abbott m2000-ren erauzketa automatikorako, lagin bakoitzetik 1,3 ml (0,8 ml hildako bolumena eta 0,5 ml erauzketa sarrerako bolumena barne) atera ziren eta Abbott DNA Sample Preparation System (Abbott Molecular Inc. des Plaines, IL, AEB) pasatu zen. ) 96 [92 lagin, bi detekzio kontrol eta txantiloi gabeko bi kontrol (NTC)] SARS-CoV-2 (EUA) bi errondaren prozesu orokorrean (berreskuratzea eta detekzioa) denbora errealean sartu ziren. meatzaritza. Era berean, eskuz ateratzeko, erabili lagin berdinak (erauzketa eta aurkikuntza automatikorako). Horrela, prozesu osoan zehar, 140 µl laginak alikuotatu eta atera ziren QIAamp Viral RNA Mini Kit-a erabiliz (QIAGEN GmbH, Hilden, Alemania) 24ko loteetan (20 lagin, bi saiakuntza-kontrol eta bi NTC barne) bederatzi txandatan zehar. Eskuz ateratako eluateak anplifikatu eta detektatu ziren ABI 7500 ziklogailu termiko bat erabiliz, SARS-CoV-2 BGI saiakera, Daan Gene saiakera eta Sansure Biotech saiakera erabiliz.
SARS-CoV-2 RNA birikoaren isolamendu eta arazketa automatizatuak ale magnetikoen printzipioa jarraitzen du Abbott DNA laginak prestatzeko erreaktiboak erabiliz. Laginak desaktibatzea eta partikula birikoen solubilizazioa guanidina isotiozianatoa duen detergente baten bidez egiten da proteina desnaturalizatu eta RNasa desaktibatzeko. Ondoren, RNA proteinatik bereizten da fase solidoaren bidez silizea erabiliz, hau da, guanidinio gatzak eta lisi-tamponaren pH alkalinoak azido nukleikoak silizearekin (SiO2) lotzea sustatzen dute. Garbiketa-urratsak gainerako proteinak eta hondakinak kentzen ditu soluzio argi bat sortzeko. RNA gardena silizean oinarritutako mikropartikuletatik isolatzen da tresnaren eremu magnetikoa erabiliz20,21. Bestalde, ARNaren eskuzko isolamendua eta arazketa spin-zutabearen metodoaren bidez egiten da zentrifugazioa erabiliz, stand magnetikoaren ordez eta mikropartikulen bereizketa eluantetik.
Abbott denbora errealeko SARS-CoV-2 detektatzeko proba (Abbott Molecular, Inc.) fabrikatzailearen argibideen arabera egin zen, OMEren eta FDAren EUA19,22 jaso zituena. Protokolo honetan, laginaren inaktibazioa atera aurretik ur-bainu batean egin zen 56 °C-tan 30 min. Birusa desaktibatu ondoren, azido nukleikoen erauzketa Abbott m2000 SP tresna batean egin zen 0,5 ml VTMtik Abbott m2000 DNA laginak prestatzeko sistema erabiliz. fabrikatzailearen arabera. Anplifikazioa eta detekzioa Abbott m2000 RT-PCR tresna erabiliz egin ziren, eta detekzio bikoitza egin zen RdRp eta N geneentzat. ROX) eta VIC P (koloratzaile propioa) barne-kontrolak bideratzeko eta detektatzeko, bi anplifikazio produktuak aldi berean detektatzeko aukera emanez 19 .
Kit honen anplifikazioa detektatzeko metodoa urrats bakarreko RT-PCR teknologian oinarritzen da. ORF1a/b eta N geneak eskualde kontserbatu gisa hautatu zituen Daan Gene Technology-k xede-eskualdearen anplifikazioa detektatzeko. Primer eta zunda fluoreszente espezifikoak (FAM-rekin markatutako N gene-zundak, VIC-rekin markatutako ORF1a/b zundak) SARS-CoV-2 RNA laginetan detektatzeko diseinatu dira. Amaierako eluentea eta master nahasketak 5 µl eluente gehituz nahasketa maisuaren 20 µlri 25 µl-ko azken bolumenari prestatu ziren. Anplifikazioa eta detekzioa aldi berean egin ziren ABI 750024 denbora errealeko PCR tresna batean.
ORF1a/b eta N geneak Sansure Biotech nCoV-2019 Azido Nukleikoen Diagnostiko Kitaren bidez detektatu ziren (PCR fluoreszentearen detekzioa). Xede-gene bakoitzerako zunda espezifikoak prestatu ORF1a/b eskualderako FAM kanala eta N generako ROX kanala hautatuz. Entsegu-kit honi, eluiatzailea eta nahaste nagusiari erreaktiboak eransten zaizkio honela: prestatu 30 µl nahaste-erreaktibo nagusi eta 20 µl lagin eluitua detektatzeko/anplifikatzeko. Anplifikaziorako/detektatzeko denbora errealeko PCR ABI 750025 erabili zen.
SARS-CoV-2 BGI proba denbora errealeko rRT-PCR kit fluoreszente bat da COVID-19 diagnostikatzeko. Xede-eskualdea SARS-CoV-2 genomaren ORF1a/b eskualdean dago, hau da, gene bakarra detektatzeko metodoa. Horrez gain, β-aktina giza-etxeko genea barne erregulatutako xede-gene bat da. Nahasketa maisua prestatzen da nahasketa maisuaren erreaktiboaren 20 µl eta ateratako RNA laginaren 10 µl putzu-plaka batean nahastuz26. Anplifikaziorako eta detekziorako ABI 7500 denbora errealeko PCR kuantitatibo fluoreszente bat erabili zen. Azido nukleikoen anplifikazioa, PCR exekuzio-baldintza guztiak eta emaitzen interpretazioa dagokien fabrikatzailearen argibideen arabera egin ziren (3. taula).
Analisi konparatibo honetan, ez dugu erreferentziako metodo estandarra erabili ehuneko adostasuna (positiboa, negatiboa eta orokorra) eta beste konparazio-parametro batzuk lau analisietarako zehazteko. Proba konparaketa bakoitza CRSrekin egin zen, ikerketa honetan CRS "edozein positibo" arauaren arabera ezarri zen eta emaitza zehaztu zen, ez proba bakar baten bidez, gutxienez parekaturiko bi probaren emaitza erabili genituen. Gainera, COVID-19 transmisioaren kasuan, emaitza negatibo faltsuak emaitza positibo faltsuak baino arriskutsuagoak dira. Hori dela eta, CRS emaitza batetik "positibo" ahalik eta zehatzen esateko, gutxienez bi saiakuntza-probak positiboak izan behar dira, hau da, gutxienez emaitza positibo bat litekeena da EUA saiakuntza batetik etortzea. Horrela, lau probetako emaitzetatik, emaitza bera ematen duten bi proba edo gehiago egiazko positibo edo negatibotzat hartzen dira18,27.
Datuak egituratutako datuak erauzteko inprimakiak erabiliz bildu ziren, datuen sarrera eta azterketa Excel estatistiko softwarea eta SPSS 23.0 bertsioa estatistika deskribatzaileetarako egin ziren. Ehuneko adostasun positiboa, negatiboa eta orokorra aztertu ziren, eta Kappa puntuazioa erabili zen metodo bakoitzak CRSrekin duen adostasun-maila zehazteko. Kappa balioak honela interpretatzen dira: 0,01-0,20 arteko adostasun arina, 0,21-0,40 adostasun orokorrerako, 0,41-0,60 adostasun moderatua, 0,61-0,80 adostasun handirako eta 0,81-0,99 adostasun osoa28.
Baimen etikoa Addis Abebako Unibertsitatetik lortu zen eta azterketa honetarako protokolo esperimental guztiak Etiopiako Osasun Publikoko Institutuaren Etika Zientifikoaren Berrikuspen Batzordeak onartu zituen. EPHI Etika Lizentziaren erreferentzia-zenbakia EPHI/IRB-279-2020 da. Metodo guztiak COVID-19 tratamendurako Etiopiako Jarraibide Nazional Integraletako gomendio eta xedapenen arabera aplikatu dira. Horrez gain, ikerketan parte hartu baino lehen idatzizko baimen informatua lortu zen ikerketako parte-hartzaile guztien artean.
Ikerketa honetan lortutako edo aztertutako datu guztiak argitaratutako artikulu honetan jasotzen dira. Ikerketa honen emaitzak onartzen dituzten datuak dagokien egilearengandik eskura daitezke, arrazoizko eskaera eginda.
Munduko Osasun Erakundea. COVID-19rako laborategiko saiakuntza-estrategietarako gomendioak: behin-behineko orientabideak, 2020ko martxoaren 21ean WHO/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 zk. (WHO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI COVID-19 diagnostiko adimenduna Larrialdi Sailean: Praktikan guztia. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI COVID-19 diagnostiko adimenduna Larrialdi Sailean: Praktikan guztia.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. eta Gurgulianis, KI COVID-19-ren diagnostiko adimenduna larrialdi-sailean: dena praktikan.Muliou DS, Pantazopoulos I. eta Gurgulyanis KI COVID-19aren diagnostiko adimenduna larrialdi-sailetan: amaierako integrazioa praktikan. Aditu Reverend Respire. medikuntza. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL eta St George, K. COVID19 ID NOW EUA entseguaren ebaluazioa. Mitchell, SL eta St George, K. COVID19 ID NOW EUA entseguaren ebaluazioa.Mitchell, SL eta St. George, K. COVID19 ID NOW EUA entseguaren ebaluazioa.Mitchell SL eta St. George K. COVID19 ID NOW EUA azterketaren ebaluazioa. J. Klinika. Birus. 128, 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
MOE. 2019ko koronavirus gaixotasuna (COVID-19) laborategiko detekzioa giza gaixotasun susmagarrietan. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (2020ko abuztuaren 15ean kontsultatua) (OME, 2020).
Udugama, B. et al. COVID-19aren diagnostikoa: gaixotasunak eta probak egiteko tresnak. ACS Nano 14(4), 3822–3835 (2020).
Syed S. et al. Ekialdeko, Erdialdeko eta Hegoaldeko Afrikako Patologoen Elkargoaren ezarpena - Ekialde Hurbileko eta Hegoafrikako Patologiako Eskualdeko Eskola. Afrika. J. Lab. medikuntza. 9 (1), 1-8 (2020).
Etiopiako Osasun Publikoaren Institutua, Osasun Ministerio Federala. COVID-19aren laborategiko diagnostikorako behin-behineko estrategia nazionala eta orientabidea. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (2020ko abuztuaren 12an kontsultatua) (EPHI, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS SARS-CoV-2 infekzioaren erronketarako eta ondorioetarako proba negatibo faltsuak. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS SARS-CoV-2 infekzioaren erronketarako eta ondorioetarako proba negatibo faltsuak.Voloshin S., Patel N. eta Kesselheim AS SARS-CoV-2 infekzioen eta haien ondorioen negatibo faltsuen probak.Voloshin S., Patel N. eta Kesselheim AS Probokaziorako eta SARS-CoV-2 infekzioaren eraginari buruzko negatibo faltsuak probak. N. eng. J. Medikuntza. 383(6), e38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI COVID-19 kasu positibo faltsu eta negatibo faltsuak: arnasketa prebenitzeko eta kudeatzeko estrategiak, txertoa eta ikuspegi gehiago. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI COVID-19 kasu positibo faltsu eta negatibo faltsuak: arnasketa prebenitzeko eta kudeatzeko estrategiak, txertoa eta ikuspegi gehiago. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI. лечения, вакцинация и дальнейшие перспективы. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI COVID-19ren kasu faltsu positibo eta negatibo faltsuak: arnasketa prebenitzeko eta tratatzeko estrategiak, txertoa eta aurrera egiteko bidea.Muliu, DS eta Gurgulianis, KI COVID-19ren kasu faltsu-positibo eta negatibo faltsuak: arnasketa prebenitzeko eta tratatzeko estrategiak, txertoa eta aurrera egiteko bidea. Aditu Reverend Respire. medikuntza. 15(8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. COVID-19 diagnostikoa larrialdi sailean: zuhaitza ikustea baina basoa galduz. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. COVID-19 diagnostikoa larrialdi sailean: zuhaitza ikustea baina basoa galduz.Mouliou, DS, Ioannis, P. eta Konstantinos, G. COVID-19 Diagnostics in the Emergency Department: Ikusi zuhaitza, basoa galdu.Muliou DS, Ioannis P. eta Konstantinos G. COVID-19-ren diagnostikoa larrialdi-geletan: ez da nahikoa baso zuhaitzentzat. Agertu. medikuntza. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. et al. Abbott RealTime SARS-CoV-2 Entseguaren errendimendu analitiko eta klinikoaren baliozkotzea eta balioztatzea. J. Klinika. Birus. 129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Konparazioa COVID-19-ren genoma eskualde ezberdinetako bost primer-sorta birusen infekzioa detektatzeko ohiko RT-PCR bidez. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. COVID-19-ren genoma-eskualde desberdinetako bost primer multzoen konparazioa birusaren infekzioa detektatzeko ohiko RT-PCR bidez.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. eta Aflatunyan, B. COVID-19 genomaren eskualde ezberdinetako bost abiarazle multzoen konparazioa, ohiko RT-PCR bidez infekzio birikoa detektatzeko. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自COVID-19不同基因组区域的五个引物组，用于通过常规RT-PCR 检测病毒感染。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. COVID-19-ren 5 eskualde genetiko ezberdinen konparazioa RT-PCR konbentzionalen bidez infekzio birikoa detektatzeko.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. eta Aflatunyan B. COVID-19 genomaren eskualde ezberdinetako bost abiarazle multzoen konparazioa, ohiko RT-PCR bidez infekzio birikoa detektatzeko.Iran. J. Mikrobiologia. 12(3), 185 (2020).
Goertzer, I. et al. SARS-CoV-2 genomaren sekuentziak detektatzeko kanpoko kalitatea ebaluatzeko programa nazionalaren aurretiazko emaitzak. J. Klinika. Birus. 129, 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. et al. Arnas sindrome akutu larrirako bost RT-PCR kitren eraginkortasunaren ebaluazio analitikoa koronavirus 2. J. klinikoa. laborategia. uzkia. 35.(1), e23643 (2021).
Wang B. et al. Txinan komertzialki eskuragarri dauden SARS-CoV-2 RNA detektatzeko zazpi kitren ebaluazioa denbora errealeko polimerasaren kate-erreakzioan (PCR) oinarrituta. klinikoa. Kimikoa. laborategia. medikuntza. 58(9), e149–e153 (2020).
van Casteren, PB et al. RT-PCR COVID-19 diagnostikorako zazpi kit komertzialen konparazioa. J. Klinika. Birus. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu, et al. SARS-CoV-2 azido nukleikoak detektatzeko bi PCR kitren diagnostiko-errendimenduaren konparazioa. J. Klinika. laborategia. uzkia. 34(10), e23554 (2020).
Lefart, PR, etab. SARS-CoV-2 azido nukleikoen anplifikazioaren (NAAT) lau plataformen azterketa konparatiboak erakutsi zuen ID NOWren errendimendua nabarmen hondatu zela pazientearen eta lagin motaren arabera. diagnostikoa. mikrobiologia. Infektatu. diss. 99.(1), 115200 (2021).
Abbott molekula. Abbott denbora errealean SARS-CoV-2 analisiaren paketeen txertaketa. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay. 1-12. (2020ko abuztuaren 10etik aurrera) (2020).
Klein, S. et al. SARS-CoV-2 RNA isolatzea ale magnetikoak erabiliz RT-qPCR eta RT-LAMP bidez eskala handiko detektatzeko. Birusa 12 (8), 863 (2020).