E 中文网站
Nat med | Tumore integratuaren mapak mapatzeko ikuspegi anitzeko ikuspegia, koloreko minbiziaren paisaia immunologikoak eta mikrobioak mikrobiomearen interakzioa sistema immunologikoarekin elkarreragina erakusten du
Koloneko minbizia primarioarentzako biomarkatzaileek azken urteetan zehar, gaur egungo jarraibide klinikoek tumore-linfoen nodo-metastasiak soilik oinarritzen dira eta DNA desorekaren konponketa (MMR) akatsak edo mikrosatelitearen ezegonkortasuna (Patologia proba estandarrez gain) zehazteko. Ikertzaileek minbiziaren genomaren (TCGA) koloreko minbizia (TCGA) koloreko minbiziaren eta pazienteen biziraupena eta gaixoen biziraupena eta gaixoen biziraupena eta gaixoen biziraupena eta pazientearen biziraupena eta pazienteen biziraupena eta pazientearen biziraupena eta gaixoen arteko tumorearen arteko tumoreen arteko erlaziorik ez dute.
Ikerketak aurrera egin ahala, minbiziaren minbizia, immunitarioa, immunologikoa edo mikrobioen minbizia, inmunitate, immunologikoa edo mikrobioen ezaugarri kuantitatiboak izan dira.
Konplexutasun fenotipikoaren eta emaitzaren arteko erlazioa disekzionatzeko, Qatarreko Sidra Institutuko ikertzaile talde batek, duela gutxi garatu eta balioztatu zuen puntuazio integratua (mikroskoko tasa onak dituzten paziente talde bat identifikatzen duena, mikrobiomeko ezaugarriak eta immunitate-gaitzespen konstanteak (ICR) konbinatuz. Taldeak 348 pazienteen analisi genomiko integrala egin zuen, 348 gaixoen minbizia primarioa duten pazienteetatik, tumoreen sekuentziazioa eta ehun kolorekote osasuntsua dutenak, oso ziexka sekuentziazio sakona eta 16ko bakterioen sorna gene sekuentziazioa, tumore genoma sekuentziazio osoak osatutako mikrobioma. Ikerketa naturan medikuntzan argitaratu zen "tumore integratua, koloneko mikrobioma eta mikrobioma koloneko minbizia".
Nature Medikuntzan argitaratutako artikulua
AC-ICAM Orokorra
Ikerlariek plataforma ortogonala erabili zuten izoztutako tumore lagin freskoak aztertzeko eta ondoko koloneko ehun osasuntsuarekin (tumore-bikote bikoteak) terapia sistemikorik gabeko koloneko minbiziaren diagnostiko histologikoa duten pazienteetatik. Sekulako sekuentziazio osoetan oinarrituta (WES), RNA-SEQ datuen kalitatearen kontrola eta inklusio irizpideen emanaldia, 348 pazienteetako datu genomikoak mantendu ziren eta behera downstream-eko azterketarako 4,6 urteko mediana azterketarako. Baliabide hau Sidra-Lumc AC-ICAM izeneko ikerketa-taldeak: mapa eta gida immunitate minbiziaren interakzioetarako (1. irudia).
Sailkapen molekularra ICR erabiliz
Markatzaile immunologikoen multzo modular bat harrapatzea, arbuiatzeko immunitate-konstanteak (ICR) izenekoa, ICR taldeak ICR optimizatu zuen kaleko mota desberdinak estaltzen dituen 20 geneko panel batean kondentsatuz, besteak beste, melanoma, maskuriko minbizia eta bularreko minbizia. ICR ere minbizi mota desberdinetan immunoterapia erantzunarekin lotuta egon da, bularreko minbizia barne.
Lehenik eta behin, ikertzaileek AC-ICAM kohortearen ICR sinadura balioztatu zuten, ko-sailkapenen ikuspegian ko-sailkapenaren ikuspegi bat erabiliz kohortea hiru kluster / immunitate azpimultzoetan sailkatzeko: High ICR (Tumore beroak), ICR ertaina eta baxua (tumore hotzak) (Tumore hotzak) (1B irudia). Ikertzaileek adostasun molekular azpipotipoekin (CMS) lotutako joera immunologikoa izan zuten, koloneko minbiziaren transkriptografian oinarritutako sailkapena. CMS kategoriak CMS1 / Immune, CMS2 / Canonical, CMS3 / Metabolic eta CMS4 / Mesenchymal izan ziren. Analisiak erakutsi zuen ICR puntuazioak negatiboki erlazionatu zirela CMS subtipo guztietan minbizi zelula batzuekin, eta korrelazio positiboak ikusi ziren CMS4 tumoreetan soilik.
CMS guztietan, Killer Naturaleko Zelulen azpimultzo ugaririk altuena izan zen ICRko azpimultzo immunologiko altuenetan.
1. irudia. AC-ICAM azterketa diseinua, immunitatearekin lotutako gene sinadura, subtipo immunologikoa eta molekularra eta biziraupena.
ICRk tumore-aberastutako tumoreak harrapatzen ditu, klonalki anplifikatutako zelulak
Tumore-ehun infiltrazioko T zelulen gutxiengo batek bakarrik jakinarazi dira tumore-antigenoetarako (% 10 baino gutxiago). Hori dela eta, tumore intra-tumoreen gehiengoa Tumore Tumbers-en kasualitateak aipatzen dira (bistaratzaileek zelulak). TCRS produktiboetako T sektiboekin egindako T zelula konbentzionalen kopuruarekin erlazionatu zen zelula eta leukozitoen azpipopulazioetan (RNA-SEQ-k hautematen duena), T zelulen azpipopulazioak kalkulatzeko erabil daitekeena (2a irudia). ICR klusterietan (orokorrean eta CMS sailkapenean), ICR-High eta CMS subtipo CMS1 / Talde Immunitateen (2. irudia), tumore altuen proportzio handiena izan da. Transkriptoma osoa (18.270 gene) erabiliz, sei gene (IFNG, Stat1, IRF1, CCL5, GZMA eta CXCL10) izan ziren TCR Immune SEQ klonalitatearekin erlazionatutako hamar gene artean (2D. irudia). Immunoseq TCR klonaltasunak oso gehiago erlazionatu zuen ICR gene gehienekin tumore-erantzunak CD8 + markatzaileek (2F irudia eta 2G) erabiliz behatutako korrelazioak baino. Amaieran, aurreko azterketak iradokitzen du ICR sinadurak tumorearen aberastutakoa, klonaz anplifikatutako T zelulen presentzia harrapatzen duela eta bere inplikazio pronostikoak azaldu ditzakeela.
2. irudia. TCR neurriak eta korrelazioa, genero immunologikoekin, immunitate eta molekular subtipoekin.
Osasuntsu eta koloneko minbiziaren ehunetan konposizio mikrobiomea
Ikerlariek 16ko RRNA sekuentziazioa egin zuten, tumorearekin eta kolon osasuntsuen ehun osasuntsuetatik ateratako DNA erabiliz (3A irudia). Balidaziorako, ikertzaileek 16ko RRNA Gene sekuentziazio datuak aztertu zituzten, 42 tumore-tumore-lagin batzuetatik ADN normalarekin bat egin ez zutenak. Lehenik eta behin, ikertzaileek floraren ugaritasun erlatiboa alderatzen zuten tumore parekatuak eta koloneko ehun osasuntsuak. CloseTridium Perfutrens tumoreetan nabarmen handitu zen lagin osasuntsuekin alderatuta (3A-3D irudia). Alpha aniztasunean (aniztasun eta espezie ugaritan) tumorearen eta lagin osasuntsuen artean, eta mikrobioen aniztasunaren murrizketa apala ikusi zen ICR-High Tumors-en, icr-baxuko tumoreekin erlazionatuta.
Mikrobioen profilen eta emaitza klinikoen arteko erlazio klinikoki detektatzeko, ikertzaileek 16s RRNA Gene sekuentziazio datuak erabiltzea dute helburu, biziraupena aurreikusten duten ezaugarri mikrobiomak identifikatzeko. AC-ICAM246-n, ikertzaileek OS Cox erregresio eredua izan zuten zero ez diren koefizienteekin (hilkortasun diferentzialarekin lotutakoak), MBR sailkatuak (3F irudia).
Prestakuntza honetan kohorte honetan (ICAM246), MBR puntuazio baxua (MBR <0, MBR baxua) heriotza arrisku txikiagoa izan da (% 85). Ikerlariek MBR baxuaren (arriskuan) eta OS luzea izan zituzten bi independente baliozko kohortetan (ICAM42 eta TCGA-coad). (3. irudia) Ikerketak korrelazio sendoa erakutsi zuen Cocci eta MBR puntuazio endogastrikoak, tumorearen eta kolon osasuntsuen ehunen antzekoak.
3. irudia. Mikrobioma tumore eta ehun osasuntsuetan eta ICR eta Pazientearen biziraupenarekin duen harremana.
Bukaera
Azterketa honetan erabilitako omizi anitzeko ikuspegiak aukera ematen du koloretako minbiziaren erantzun immunologikoaren sinadura molekularraren sinadura sakona eta aztertzea eta mikrobiomaren eta sistema immunologikoaren arteko interakzioa agerian uzten du. TCR eta ehun osasuntsuen sekuentziazio sakonak agerian utzi zuen ICRren eragin pronostikoa tumore aberastutako eta, agian, tumorearen antigeno espezifikoko klonak harrapatzeko duen gaitasunagatik izan daitekeela.
Tumorearen mikrobiomaren konposizioa 16s RRNA gene sekuentziazioa aztertzen du AC-icam laginetan, taldeak mikrobioma sinadura (MBR arriskuen puntuazioa) identifikatu du, balio pronostiko sendoarekin. Sinadura hau tumore laginetatik eratorria izan arren, korrelazio handia izan zen koloretsu eta tumore osasuntsuen mbr arriskuen arteko puntuazioaren artean, sinadura honek gaixoen konposizio mikrobioma harrapatu dezakeela iradokiz. ICR eta MBR puntuazioak konbinatuz, posible zen koloneko minbizia duten gaixoen biziraupena aurreikusten duen ikasle anitzeko biomarkatzailea identifikatu eta balioztatzea. Ikerketaren omiko anitzeko datu-multzoak baliabide bat eskaintzen du koloneko minbiziaren biologia hobeto ulertzeko eta ikuspegi terapeutiko pertsonalizatuak ezagutzeko.
Posta: 20123-05-15
Pribatutasun-ezarpenak